La Cripta Risale al VII - VIII secolo e rappresenta se non tutta almeno una parte di quella che fu la prima chiesa. Coincide precisamente col piano sottostante il presbiterio. Si compone di tre locali comunicanti fra loro. Nel primo, a detta degli anziani, vi erano sepolti i sacerdoti che avevano atteso alla chiesa. Degli altri due, il primo è tutto affrescato con opere eseguite tra il 1547 e il 1550 a cura ed a spese della famiglia De Giorgiis, come attestano le due iscrizioni sulle pareti. Queste furono composte a ricordo del figlio Pietrantonio De Giorgiis, morto quindicenne. Gli affreschi sono di Giovanni Sabatani, ma l'influenza di Simone da Firenze è molto evidente. Sono raffigurati sulla volta d’ ingresso, guardando il sarcofago, la natività della Madonna. Sul pilastro a destra è dipinta la figura di San Antonio Abate; a sinistra San Giovanni Battista. Sulla colonna destra dell’arco è affrescato il ritrovamento di Gesù nel tempio, a sinistra lo sposalizio della Vergine. Altri dipinti raffigurano scene relative alla Vergine, Santa Barbara e San Nicola. Vi è un altare dedicato alla Maddalena sormontato da un dipinto attribuito a Cristiano Danona da Anversa di fine '500.Questo attualmente si trova presso la Soprintendenza alle Belle Arti di Matera per il restauro. Vi è, ancora, un sarcofago in pietra lavorata con uno stemma raffigurante San appartiene alla famiglia De Giorgiis. Nell'altra cappellina è un bel presepe in pietra scolpito intorno al 1550 dallo scultore Altobello Persio o Stefano da Putignano e simile nella fattura ai presepi della Cattedrale di Matera e del Duomo d’Altamura. In esso si nota in particolare un castello che probabilmente rappresenta il Castello di Tursi, ora scomparso.