Gli stalli in legno del coro dei frati furono installati nel presbiterio nell'anno 1504. Sull'iscrizione in caratteri gotici, presente nella cornice superiore, si legge la seguente esortazione alla preghiera: non vox sed votum, non clamor sed amor, non cordula sed cor psallit in aure Dei.
Sopra il salterio, si vede un foro quadrangolare praticato in corrispondenza della posizione dell'antico altare: si ritiene possa indicare il luogo dove era fissato il Crocifisso che parlò a Francesco. Questa miracolosa tavola, tanto illustrata nella storia e nella iconografia francescana, è un'opera d'arte del secolo XI (o XII), e attualmente si venera nel convento di Santa Chiara in Assisi, nella cappella del Sacramento. Una sua copia è oggi posta sopra l'altare attuale, quindi non nella posizione un tempo occupata dall'originale.
Il fabbricato del chiesa: sezione longitudinale. Nella volta del presbiterio (numero 1) si nota il foro del crocifisso miracoloso.
Il coro nasconde quasi completamente la vista dell'abside. Tuttavia volgendo gli occhi in alto, oltre alla vetusta decorazione della volta consistente in un cielo stellato ormai quasi svanito, si può rilevare un mezzo tondo occupante tutta la parte superiore dell'abside, ove è dipinta una grande figura di Madonna con il Bambino in braccio, fra due santi, il cui nome si legge appena: S. Damianus S. Rufinus Eps M. Si tratta di un affresco rimasto forse per secoli sotto uno strato di calce, dal quale fu liberato nel 1910.
L'abside della chiesa: affresco della Madonna. In basso si nota l'apertura, ormai murata, verso il coro di Chiara. Ante 1919
I caratteri lineari di questa pittura e il panneggio farebbero credere a un esemplare bizantino; ma altri particolari e specialmente l'espressione delle figure indicherebbero un'epoca meno arretrata; tanto più che il nome della Santissima Vergine non si trova unito al nome di San Damiano prima del secolo XIII: Sancta Maria de Sancto Damiano è un titolo che compare nei documenti che si riferiscono alla storia di Chiara, e precisamente in quelli attinenti alla consacrazione dell'oratorio, cui seguì verosimilmente la consacrazione della chiesa e la dedica del monastero.
In relazione allo stile bizantino può apparire piuttosto la nicchietta pentagonale, un po' a sinistra dell'abside, che ricorda il diaconicon e la prostesis, dove, secondo la liturgia greca, si conservano il pane e il vino consacrati; ciò che del resto è confermato nella sottoposta iscrizione: HIC EST LOCUS CORPS.
Se l'ostruzione del coro non lo impedisse, si potrebbero esaminare due specie di banchi che si intravvedono a lato dell'abside, i quali potrebbero essere appoggi o sedili per i ministri del culto: altro particolare che si nota presso gli altari di rito greco.
Tutti questi indizi confermerebbero la grande antichità della chiesa, la cui costruzione potrebbe risalire alla prima epoca bizantina, cioè al secolo VIII.
Intorno al coro si notano varie finestre.
Guardando verso l'ingresso della chiesa, se ne vede una grande e aperta, a sinistra, che corrisponde al giardinetto di Chiara.
Altre due si vedono ostruite. L'una, nel mezzo dell'abside, è quella che, corrispondendo al coro delle sorelle povere, permetteva loro di ricevere la Santa Comunione. L'altra finestra, più piccola, si trova nella parete, un po' in alto, tra la porta della sacrestia e l'abside (vedi, sopra, la sezione longitudinale della chiesa).
Al lato opposto, in corrispondenza del secondo stallo del coro, c'è un'apertura per cui si mostra il refettorio di Chiara: si vuole che al tempo della santa qui si trovasse la Ruota, attraverso la quale le monache si mettevano in comunicazione con l'esterno. Un giorno in cui il frate addetto al monastero aveva riportato vuoto dalla questua il vaso dell'olio, questo si trovò miracolosamente pieno, a un segno di croce fattovi sopra da Chiara.
Il fabbricato del chiesa: sezione trasversale. A pianterreno si notano il presbiterio e l'abside (numero 2) con la finestra di comunicazione con il coro di Chiara.
Guardando verso l'ingresso della chiesa, a destra del coro si trova la porta, oggi murata, per la quale i religiosi discendevano dal convento alla chiesa. Fuori della porta, una specie di vestibolo accoglieva due affreschi della scuola umbra, rappresentanti l'Annunciazione della Vergine e la Impressione delle Stimmate di san Francesco. I due dipinti, discretamente conservati, sono oggi sistemati nell'angolo in cui si incontrano le pareti esterne della chiesa e del refettorio. Li si può ammirare dal portico del secolo XVI che gira intorno al chiostro con il pozzo a carrucola. Un'iscrizione ne rivela autore ed anno: Eusebio da San Giorgio, 1507.
Viste di due lati convergenti del portico del secolo XVI, con gli affreschi di Eusebio sullo sfondo: a sinistra, fianco del refettorio; a destra, fianco della chiesa. Agosto 2000