Al coro delle sorelle povere si accede dall'anti-sacrestia, scendendo alcuni gradini che attraversano un passaggio arcuato.
La grande cappella si trova quasi dietro la chiesa. Originariamente doveva includere l'intera parete semicircolare dell'abside, ma nel secolo XIV, o poco dopo, vi fu elevata una cortina di muro, che lasciando appena visibile una parte dell'abside, rende più regolari, ma più ristretti i limiti della cappella stessa.
Nel tratto superiore di questa parete è affrescato un crocifisso, datato 1482 e probabile opera di Antonio Mezastris da Foligno.
L'altare, elevato di due gradini dal pavimento, è appoggiato contro la parete. Nei primi anni del 1900 è stato restaurato, o piuttosto rifatto nella forma più semplice ed antica, sì da armonizzarsi con la perfetta severità dell'ambiente.
Scendendo alcuni gradini si passa dall'anti-sacrestia al coro di Chiara.
La cappella, coperta a volta, prende luce da una finestra leggermente archiacuta, con listello di mattone sovrapposto, indizio di assai remota costruzione.
Il coro ligneo, dove Chiara e le sue sorelle prendevano posto per pregare e salmodiare, è un monumento di povertà francescana. Si trova addossato alla parete finestrata, opposta all'altare, ed è formato semplicemente da un dossale composto di povere assi, nude e malconnesse, e da un inginocchiatoio dello stesso stile, ai lati del quale sorgono due leggii. Sopra uno di essi si conserva un vecchio catalogo, desunto da Luke Wadding, su cui si leggono i nomi delle cinquanta monache che formavano la famiglia di santa Chiara.
Il coro delle monache è rimasto immutato dai tempi di Chiara.
Ai tempi di Chiara il coro era in comunicazione con la chiesa per mezzo di una finestra munita di grata, attraverso la quale le religiose ricevevano la Santa Comunione.
La misura di questa finestra è di metri 1.20 x 0.70, cui corrisponde la misura della grata trasportata e conservata per il medesimo uso nel monastero urbano di Santa Chiara.
A questa grata accorsero Chiara e tutte le sue figliole per rendere l'ultimo tributo d'affetto al loro padre e maestro, Francesco, quando il suo corpo venne trasferito da Santa Maria degli Angeli ad Assisi, il giorno dopo la sua morte. In tale solenne e triste circostanza venne aperta la finestra:
«[...] et ecce domina Clara venit cum filiabus suis ad videndum patrem non loquentem eis, nec reversurum ad eas [...]».
Nella parete sinistra della cappella, accanto all'abside della chiesa, si vede un'apertura, una specie di nicchia poco profonda e poco larga, di metri 1.54 di altezza. Tale misura, secondo la tradizione, sarebbe in relazione con la statura di Francesco.
Difatti, Francesco Bartoli, che fu guardiano di S. Damiano nei primi anni del 1300, racconta di aver saputo dai frati del luogo, che Chiara fece dipingere in questo vano la figura di Francesco secondo la misura del suo piccolo corpo, ad modum ostioli, ad mensuram sui corpuscoli depicta. Ciò per conservare memoria di un certo nascondiglio che dette rifugio a Francesco, perseguitato dall'ira del padre nei primi tempi della sua conversione.
La nicchia, come si è detto, si conserva ancora dietro l'abside della chiesa di San Damiano: in essa è rappresentato un giovane (Francesco) in abiti medievali, nel suo nascondiglio, mentre il vecchio Bernardone va in cerca di lui col bastone alzato.
Al coro delle sorelle povere si accede dall'anti-sacrestia, scendendo alcuni gradini che attraversano un passaggio arcuato.
La cappella, coperta a volta, prende luce da una finestra leggermente archiacuta, con listello di mattone sovrapposto, indizio di assai remota costruzione.
Il coro delle monache è rimasto immutato dai tempi di Chiara.
