Con l'attivazione del "Corso di Fotogrammetria Architettonica", il laboratorio fu trasferito presso l'Istituto di Disegno della Facoltà d'ingegneria ed ubicato nel Complesso monumentale di S. Scolastica, restaurato dall'Università ed affidato in gestione all'Istituto stesso.
In coerenza con gli obiettivi del CIPA (Comité International de Photogrammétrie Architecturale), nell'intento di contribuire alla costituzione di un archivio internazionale fotogrammetrico dei Beni architettonici ed in attuazione del progetto finalizzato "Fotogrammetria e tutela del territorio", presentato il 30 maggio 1981 nella tavola rotonda della mostra-convegno di Fotogrammetria architettonica, organizzata a Bari nel maggio 1981, il laboratorio avviò una campagna di sensibilizzazione alle tecniche fotogrammetriche con corsi di formazione nelle scuole di ogni ordine e grado, a cominciare dalla scuola elementare.
Nel 1985 fu firmato l'Accordo con convenzione per l'uso comune di apparecchiature fotogrammetriche-elettroniche tra la Regione Puglia e l'Università degli Studi di Bari. In tale occasione la regione acquistò il restitutore fotogrammetrico Wild A40, grazie sopratutto all'entusiasmo dell'Assessore alla Cultura, avv. Pasquale Calvario, che vediamo nelle foto seguenti in una sua visita al laboratorio.

L'accordo prevedeva l'avvio del censimento e documentazione del Beni Culturali della Puglia e, per tale scopo, l'Assessorato alla Cultura della Regione Puglia aveva dislocato presso il centro di S. Scolastica i giovani della ex-legge 285, formati nel 1981 presso il laboratorio con il "Progetto trulli" della Regione Puglia per il censimento e la catalogazione dei trulli della Valle d'Itria. Con il cambio del'Assessore il personale della Regione fu ritirato dal Centro e nonostante i convegni nazionali ed internazionali degli anni 1986, 1988, 1991, 1993 e 1996 il centro non riuscì a decollare. La Soprintendenza ai monumenti di Bari non ha mai partecipato alle iniziative del laboratorio per l'impiego delle nuove tecnologie nella documentazione, mentre la Soprintendenza Archeologia della Puglia, allora ospite dell'Ateneo barese, cominciava a fare pressioni per il trasferimento della propria sede nel Complesso di Santa Scolastica.
Nel 1993 è iniziata una misteriosa serie di atti vandalici, proseguita nel 1996 ed acuita nel 1997 con distruzione di fotogrammi dei rilievi archiviati, incursione per fare ordine e chiedere scusa ed ulteriori atti vandalici tesi a danneggiare le apparecchiature. Con l'abbandono della struttura da parte del Politecnico, subentrato all'Università nella gestione del Complesso, il Laboratorio fu trasferito nel Campus universitario, mentre il restitutore fotogrammetrico, di proprietà regionale, è rimasto abbandonato nel complesso e a nulla sono valse le denucie alle autorità.