L’avanzamento del corpo ottocentesco ha prospetticamente causato l’arretramento della Chiesa, determinando per essa una situazione di isolamento che risulta aggravata dalla differenza di quota che distingue i due organismi.
La Chiesa, orientata su un asse nord-sud, è ad aula unica, secondo la tipologia canonica delle fabbriche francescane, lunga più di 26 metri. L’interno è caratterizzato sui fianchi da lesene scanalate e sormontate da capitelli ionici, che si addossano ai pilastri delle cappelle laterali e proseguono nel giro dell’abside, creando un legame visivo unitario dell’intero ambiente. La stessa impressione di unità è data anche dalla trabeazione continua che corre al di sopra delle lesene e termina con una cornice lavorata. L’impressione unitaria è poi completata dalla decorazione a lacunari esagonali in stucco che interessa tutta la volta a botte unghiata ed il catino absidale. Nelle lunette della volta, lungo il fianco libero della Chiesa , si aprono finestre centinate che illuminano l’ambiente; sul fianco opposto corrispondono altrettante finte finestre per rispondere a criteri di simmetria ottica. Queste decorazioni risalgono ai primi dell’800 (l’anno 1804 è segnato in controfacciata a indicare la data di completamento dei lavori) ovvero in occasione di importanti lavori di ristrutturazione della Chiesa progettati e diretti dall’Arch. D. Giuseppe Gimma e consistenti anche nell’allungamento della stessa ed all’erezione del nuovo altare. Tra questa parete e l’abside sono ricavati dei piccoli ambienti, dei quali, quello a sinistra, è adibito a sacrestia.