La chiesa ed il convento dei Paolotti sorsero agli inizi del XVII secolo come dimora di una piccola comunità di seguaci della regola di S.Francesco di Paola, su una serie di modeste strutture preesistenti e passò, ai primi del XIX secolo, cioè qualche anno dopo la soppressione dell'ordine, avvenuta nel 1809, a sede del Seminario Vescovile, ingrandendosi nel tempo fino ad accogliere, nel 1860/61, un Liceo Ginnasio .
Per rintracciare invece le origini del Seminario, bisogna risalire al 1703. D.Filippo Meda, milanese, l'anno dopo la sua venuta a Conversano come Vescovo della Diocesi, eresse un Seminario per l'educazione del giovane clero.
Negli anni successivi il Seminario godette di diversi lasciti tra i quali un palazzo donato dal Primicerio della Cattedrale D.Felice Pascale per abitazione di seminaristi. E questo lascito fu la causa della prima traslazione del Seminario, che dopo appena 19 anni fu trasferito da Porta Acquaviva a Largo San Cosmo.
Nel 1809 Monsignor Gennaro Carelli rivolse un'istanza al sig. Duca di Canzano, Intendente della Terra di Bari, chiedendo che fossero lasciate aperte al pubblico le tre chiese dei soppressi Conventuali, Paolotti e Carmelitani, e che gli fosse concesso per uso Seminario, il Convento dei Paolotti, per il quale offriva al Regio Demanio il Seminario vecchio,"come più comodo per essere adibito ad altro uso civico o alienato".
Dopo alterne vicende anche di natura giudiziaria, dopo il 1839, finalmente, si trasferì nel dismesso Convento dei Paolotti annesso alla omonima Chiesa.
La vita e la funzione del Seminario dal suo ingresso in questo luogo, si può dire che sia riassunto dalla scritta che il sig. Mucedola volle segnata a grandi caratteri sul frontone dell' edificio, da lui fatto ampliare:"CRESCAMUS IN ILLO PER OMNIA".
Infatti esso venne sempre crescendo per fama di buoni studi, di una sana educazione religiosa e civile, non meno che per le sempre migliori condizioni dei suoi locali.
Nel 1851 furono costruite le logge ad est e a nord, che dovevano servire a rafforzare ed abbellire il vecchio Convento; nel 1860 fu realizzato l' avancorpo con l'attuale facciata su via dei Paolotti; nel 1894, si iniziava il nuovo edificio delle scuole ad est.
Dal 1874 accanto al Seminario sorse il Convitto laico, più tardi degno erede dello stesso Seminario, allorchè, dapprima l'erezione del piccolo Seminario dovuta al Gennari, e poi la riforma dei Seminari compiuta da Pio X, assottigliò a poco a poco ed infine estinse il numero dei seminaristi.
Allo stesso Cardinale Gennari e Monsignor Lamberti nonchè al Rettore Morea ed all' architettoSante Simone si devono la realizzazione del nuovo corridoio delle otto aule, l'immensorefettorio al piano terra, il salone teatro ed un nuovo dormitorio realizzati nel 1900.
Durante la prima guerra mondiale il Seminario non mancò a nessuno dei suoi doveri partecipando a tutte le opere assistenziali intese a mantener salda la resistenza civile, sottoscrivendo largamente ai vari prestiti nazionali, promuovendo riunioni, conferenze, onoranze funebri ai Caduti ed ogni altra manifestazione patriottica, restringendosi nel minor numero di aaule per dar luogo ad un Ospedale Militare e accogliendo nel Convitto annesso, gratuitamente, figli di profughi e di caduti.
Nel 1935 su iniziativa di Monsignor Argnari e del Rettore Preside Forlani fu compiuto un ulteriore ampliamento, consistente nella realizzazione dell' attuale ingresso del Liceo Classico.
Dopo la seconda guerra mondiale, infine, fu realizzata la sopraelevazione del Liceo Classico e di tutta l' ala orientale comprendente l'ex scuola Forlani.