Per la importanza e la fama che andava sempre più acquistando il convento, nel sec. XVI bisognò pensare all'ampliamento del locale, divenuto necessario dacchè i religiosi che quivi abitavano intendevano rispettare le antiche memorie: cura veramente singolare, che attesta in quei frati un animo delicato e consapevole del tesoro che possedevano, e tanto più encomiabile, quanto fu più rara in ogni tempo la cura della conservazione di opere antiche, particolarmente di quelle che non abbiano apparenza di grandezza e di splendore. Per non deturpare con sacrileghi adattamenti quelle mura che erano state cementate dai sudori di S. Francesco, convenne fabbricare di nuovo; e fu così che sorsero fra il sec. XVI e XVII i due dormitori formanti quadrato coll'antico edificio, cioè colla chiesa e l'infermeria di S. Chiara. Anche il nuovo coro dei religiosi, appoggiato all'abside della chiesa, reca la data di costruzione, anno 1504. A questo periodo di tempo si deve riportare la costruzione o l'adattamento della cappella di S. Girolamo (fianco destro della chiesa), almeno a quanto ne suggerisce l'iscrizione che si legge in un magnifico affresco di quella cappella, dipinto da Tiberio d'Assisi l'anno 1517. Una supplica, rinvenuta tra le carte d'archivio del Comune d'Assisi e riferita dal Cristofani,[38] ci fa sapere che i religiosi di S. Damiano vollero nel 1535 costruire la cappella del Crocifisso, attigua a quella di S. Girolamo, per la quale opera il Comune concesse benignamente la somma di 10 fiorini d'oro. Il Crocifisso che vi fu allora collocato non è quel miracoloso simulacro che vi si venera attualmente, ma un altro più antico e assai pregevole, il quale si trova ora a capo del dormitorio dell'infermeria, presso la cella del P. Guardiano. Verso il 1500, dovette pure esser portato a termine l'acquedotto, che scende dal Subasio e, passando per gli orti di S. Damiano, discende a S. Maria degli Angeli. « Da detto condotto li frati de S. Damiano ne pigliano quanto gli fa bisogno, senza esser impediti per giustizia dalli frati della Madonna ».[39] La costruzione dell'acquedotto venne intrapresa nel 1486 a spese di Lorenzo de' Medici, per fornire d'acqua il convento e il paese di S. Maria degli Angeli.[40]

Nel sec. XVII, e precisamente nel 1639, S. Damiano passò a dignità di primo convento di Provincia (già dal 1604 apparteneva alla Custodia Riformata) onore che prima di questo tempo era stato riserbato ai grandi conventi di S. Francesco e di S. Maria degli Angeli. D'ora innanzi la storia di S. Damiano s'identifica in gran parte colla storia della Provincia Serafica Riformata; ma noi c'interesseremo soltanto alle memorie del convento e rimandiamo pei dati generali ad altra parte di questo libro.[41] Ricorderemo soltanto che i primi religiosi Riformati di S. Damiano vivevano in tanta esemplarità, che il Papa non volle concedere questo ed altri conventi d'Assisi ai Padri Cappuccini, allora potentissimi, i quali ne facevano domanda, giudicando tali conventi molto a proposito per la vita eremitica che intendevano di stabilirvi.[42] Si può consultare la II Parte di questo volume, e si vedrà che non pochi dei religiosi che illustrarono colla loro santità la nostra Serafica Provincia vissero più o men lungamente a S. Damiano.
Se noi ora volessimo aumentare le pagine di questo libro, non avremmo che a trascrivere dalla Cronaca conventuale più volte citata; la quale incomincia verso il 1600 e diventa diffusa per questi ultimi secoli. Ma esprimiamo il voto che l'umile Cronaca sia piuttosto pubblicata integralmente: noi vi abbiamo riconosciuto tale una sicurezza di dati, un così fine criterio di osservazione nei fatti generali e particolari, che assicurerebbero a questo libro un posto fra le migliori cronache francescane.[43]

L'avvenimento più importante del sec. XVII fu per il nostro convento la collocazione del nuovo miracoloso Crocifisso nella cappella già costruita il secolo innanzi. Il fatto è lungamente narrato nella citata Cronaca, e noi lo riferiremo succintamente. L'anno 1637 trovandosi in Roma il P. Ascanio d'Assisi, Procuratore generale della Riforma, conobbe un certo fra Innocenzo da Palermo, ottimo religioso, maestro scultore in legno, particolarmente d'immagini di Crocifissi. Il detto P. Ascanio aveva visto uno di tali Crocifissi nel convento di S. Francesco a Ripa, e trovatolo bellissimo, pensò di farne costruire uno simile per S. Damiano; e ottenne che Fra Innocenzo fosse mandato a questo scopo in Assisi. « Il frate obbediente venne, e d'un semplice legno di pioppo tagliato a Castelnuovo, nella vicina pianura, diede subito principio a quest'opera santa. Ed era sì grande la sua divozione in questo esercizio, che ogni mattina all'alba udiva la Santa Messa et riceveva il Santissimo; e poi serrato nella stanza della foresteria lavorava con suo compagno, e finì in tutto e per tutto questa santa Immagine in nove giorni soli, con istupore e meraviglia di tutti. Cominciossi l'opera a divulgare e concorrevano gentiluomini et ogni sorta di persone per vederlo; e ognuno restava pieno di meraviglia e divozione per esser cosa nuova, con tante piaghe e ferite etc. ».[44] Narra la tradizione conventuale che il buon laico, avendo quasi ultimato il suo lavoro, si trovò in grande perplessità quanto alla testa. Ricorse perciò all'orazione; e una mattina, entrando nella detta stanza, trovò la testa compiuta ad opera di Angeli. Ma se il Crocifisso di S. Damiano non è opera angelica, è tuttavia un capolavoro. Nella sua testa addolorata, divina, si rappresenta l'attimo fuggente che è il passaggio dalla vita alla morte, sicchè ti sembra vivo, morto o moribondo, a seconda del luogo o del modo come si riguarda. Nella moltiplicità e vivezza delle sue piaghe, l'artista si è ispirato alle rivelazioni di S. Brigida; e quando fu esposta al pubblico la sacra Immagine, fece tale impressione da eccitare le preoccupazioni del Santo Uffizio, il quale si dovette occupare di questa causa. Ma non est consilium contra Dominum, esclama il nostro cronista.[45] Rimesso il giudizio al Vescovo diocesano, permise che il mirabile Crocifisso venisse esposto alla pubblica venerazione, prima nel coro di S. Chiara, poscia nel 1640 nella cappella dove si venerava l'altro Crocifisso che ora si trova nell'Infermeria di S. Chiara. La devozione dei fedeli per il nuovo Crocifisso di S. Damiano andò sempre aumentando; e nelle pubbliche calamità e nei maggiori bisogni si ricorse non inutilmente alla sua valida protezione. Sono rimasti celebri negli Annali della città di Assisi i pellegrinaggi di penitenza che avvennero in S. Damiano, segnatamente negli anni 1853 e 1855, nei quali il santo Simulacro venne portato in processione ed esposto nella cattedrale; e in queste circostanze si ebbero a registrare vari miracoli.[46]

Altro avvenimento d'importanza per il convento di S. Damiano fu l'approvazione del culto reso ab immemorabili al B. Antonio da Stroncone, avvenuta l'anno 1687; e in tale occasione si fecero grandi feste nella chiesa del convento e nella città d'Assisi.
Una solenne processione votiva fu decretata nel 1644 dal Comune di Assisi per il 22 giugno, giorno presumibilmente anniversario della liberazione della città dalle orde saracene, fugate per le preghiere di S. Chiara: i Magistrati del Comune, il Capitolo della Cattedrale e tutte le Confraternite della città sogliono intervenire ad onore in questa processione al convento di S. Damiano.[47]
Fatti di minore importanza sono registrati nella Cronaca conventuale tra il sec. XVII e XVIII: nel 1610 fu costruita la cappella di S. Carlo per comodità dei pellegrini del Perdono, i quali vi si raccoglievano per fare la santa confessione e comunione. Questa cappella, che si trovava sul lato destro del porticato esterno della chiesa, venne demolita per fabbricarvi sopra la biblioteca del convento, l'anno 1840. Un prelato ravennate, Antonio Strozzi, già Prefetto di Norcia e poi d'Assisi, curò nel 1616 l'erezione d'un pregevole altare in legno nel coro di S. Chiara, poi traslocato nel Dormitorio della Santa: questo prelato si fece frate minore nella nostra Provincia, fu Vicario generale della Riforma e commissario e visitatore Apostolico in Polonia. « L'anno 1713 osservando li frati che i travi che sostenevano il soffitto e tetto del Dormitorio di Santa Chiara erano fracidi e temendo che cadesse il soffitto, si rinnovò li travi ecc. ».[48] Poco appresso anche il piccolo campanile, che si trovava sopra l'antica facciata, minacciando rovina, convenne rifarlo, ma si ebbe l'infelice idea di cambiargli posizione e fu costruito sul fianco destro del coro.