La ricerca storica sul Palazzo Comunale di Acquaviva delle Fonti, e la ricostruzione delle successive fasi di trasformazione dell'edificio, si presentano particolarmente complesse in ragione delle numerose modifiche subite dal manufatto che, nei suoi quasi dieci secoli di storia, si sono sovrapposte trasfigurando di volta in volta la fisionomia dell'assetto precedente.
L'attuale configurazione del Palazzo è infatti il risultato di un'articolata stratificazione di ampliamenti, demolizioni, variazioni tipologiche ecc., che hanno stravolto l'originario impianto fortificato normanno.
Forse proprio per questa sua caratteristica tra i numerosi castelli e fortificazioni pugliesi, quello di Acquaviva risulta, sino ad oggi, tra i meno indagati dalla pur vasta trattatistica prodotta su questi temi soprattutto negli ultimi anni. Mancano altresì quasi del tutto fonti documentarie che testimonino le diverse vicende edilizie del fabbricato e che documentino ciò che i lavori di trasformazione hanno cancellato.
Eguale carenza si riscontra nelle fonti iconografiche sulla città di Acquaviva, raramente presente nelle svariate raccolte di stampe ed incisioni dei vedutisti che, soprattutto nel Settecento, hanno descritto la Terra di Puglia.
Appare evidente, quindi, come l'edificio stesso venga a costituire il campo d'indagine principale. Si è pertanto cercato di rileggere le contraddittorie vicende della sua storia tramite un'attenta osservazione. Ciò tuttavia non senza ulteriori difficoltà, tra le quali, principalmente, quella derivante tanto dalle numerose demolizioni subite dal castello in conseguenza di eventi naturali o bellici o di opere di ristrutturazione, quanto dagli interventi che hanno spesso modificato gli spessori murari, le cortine, i rivestimenti, le finiture ecc.. Tali vicissitudini hanno in molti casi reso impossibile la ricostruzione delle giaciture dei diversi corpi di fabbrica ed il riconoscimento, in tutte le sue parti, dell'esatta composizione dell'organismo architettonico in una determinata epoca.

Tutte le modifiche del Palazzo susseguitesi nel tempo, di cui si è parlato, descrivono un processo evolutivo comune a quello di molti castelli pugliesi, caratterizzato cioè da una progressiva trasformazione dell'originario recinto fortificato, quasi sempre di fondazione normanna, in residenza signorile fortificata. "…In Puglia - scrive De Vita - non è possibile distinguere rigidamente i castelli dalle residenze fortificate, in quanto quasi sempre gli uni si sono trasformati nelle altre...".

In particolare, ad Acquaviva delle Fonti, è possibile individuare, tralasciando gli interventi minori, quattro fasi principali di tale processo, e precisamente:

1 - L'originaria fortificazione normanna (XI sec.)
2 - Gli ampliamenti effettuati in età federiciana (XIII sec.)
3 - Le opere di ricostruzione e trasformazione eseguite dagli Acquaviva d'Aragona (XV-XVI sec.)
4 - Gli interventi di ampliamento e ristrutturazione compiuti dai De Mari (XVII-XVIII sec.)

A queste vanno aggiunte, infine, le piccole trasformazioni realizzate nell'Ottocento per l'adattamento del palazzo a sede del Comune nonché le opere di restauro, consolidamento, manutenzione e variazione distributiva compiute tra il 1930 ed il 1950.