La Regia Dogana resta in vigore per circa quattro secoli, fino al 1821, anno in cui viene soppressa con un decreto di Giuseppe Napoleone. La sua presenza aveva sempre assicurato ai vari re succedutisi e alle popolazioni locali un certa prosperità economica dovuta allo spostamento di milioni di capi di bestiame e di migliaia di persone al seguito, anche se bisogna dire che la stessa imponeva un certo immobilismo e non poche restrizioni all’agricoltura. Le città costiere ripresero il loro antico ruolo di poli di scambio commerciale per cereali e olio provenienti dall’entroterra. Le esigenze di mercato erano cambiate e l’agricoltura richiedeva più spazi, a scapito dei pascoli e dei boschi.
Un elemento fondamentale per la gestione futura del territorio saranno le varie riforme per la privatizzazione delle terre demaniali, che nelle intenzioni sarebbero dovute andare ai contadini, ma che in realtà andarono ad ingrandire ulteriormente i possedimenti dei grandi proprietari terrieri, dei borghesi, la nuova classe dirigente, che preferì spostarsi in campagna, nel proprio latifondo per gestirlo direttamente.
Accanto, quindi, ai castelli delle famiglie nobiliari, sorsero le masserie padronali. Il nucleo principale era in genere sopraelevato, acquistando particolari caratteristiche auliche, nonché specifiche ripartizioni e distinzioni dagli spazi destinati ai lavori agricoli: parte del territorio intorno alla masseria è destinato a vigneto o a oliveto, compare l’orto, l’agrumeto per uso interno alla masseria. La restante parte del territorio era destinata a pascolo.
Questo periodo di ripopolamento delle campagne sarà molto breve: grazie all’affermarsi dei centri costieri ed in particolare di Bari, si attua un progressivo isolamento dell’entroterra, definitivamente sancito dalla costruzione di infrastrutture lungo la costa.

Le diverse riforme agrarie che si susseguirono fino al 1960, non sortiranno l’effetto sperato di riportare i contadini ad abitare stabilmente in campagna: il territorio è oggi costellato di villaggi colonici dell’Ente Riforma Fondiaria, in gran parte assolutamente disabitati ed in parte acquistati da privati come seconda abitazione, come nel caso dei villaggi di San Giovanni e di Parisi nell'agro di Altamura.
Le riforme non avrebbero potuto mai condizionare, né tantomeno cambiare, l’abitudine ormai secolare dei contadini dell’Alta Murgia di risiedere stabilmente in città e di raggiungere giornalmente i propri possedimenti.

Breve storia della Murgia