Progressivamente le città costiere pugliesi perdono importanza poiché vengono poste fuori dalle nuove rotte marittime del commercio, spostatesi prima nel Tirreno e poi nell’Atlantico. I centri dell’entroterra, ed in particolare quelli dell’alta Murgia, al contrario acquistano notevole importanza perché più vicine a Napoli, nuovo centro degli scambi commerciali tra la Spagna e l’Italia meridionale, in quel periodo sotto la dinastia Aragonese.
Le campagne cominciano progressivamente a spopolarsi: diversi sono i casali abbandonati nelle zone di Altamura, Gravina, Minervino, del Garagnone. Ad eccezione del massaro delle pecore e di pochi altri lavoratori fissi (senza famiglia) che risiedono stabilmente nelle masserie e negli jazzi, a sorveglianza dei beni e delle strutture che si facevano sempre più numerose e consistenti, la maggioranza dei contadini risiedeva stabilmente nella città e giornalmente si spostava verso il proprio fondo dove il trullo comincia ad imporre la sua presenza come deposito per gli attrezzi e di riparo giornaliero per le bestie da lavoro.
In questo periodo sarà l’istituzione della "Regia Dogana per la mena delle pecore", da parte di Alfonso V d’Aragona per assicurare cospicui introiti nell’erario reale, a segnare ancora una volta l’evoluzione e la gestione delle masserie e a incidere sull’assetto e sull’aspetto di gran parte del territorio pugliese e in particolare della Murgia. Qui sorsero la maggior parte delle masserie per pecore, in quanto, pur non offrendo grandi pascoli, aveva l’adatta orografia sia per la costruzione di recinti per il ricovero delle pecore ben protette dai venti di tramontana, sia per la presenza delle lame, veri e propri canali di raccolta delle acque che dalle cime dei rilievi scorrevano verso le valli, raccogliendosi in bacini naturali.
A supporto di questo intenso sfruttamento pastorale del territorio viene costruita una innumerevole serie di strutture e di manufatti. E’ in questo periodo che si forma, infatti, quella fitta maglia di masserie, poste, jazzi e relativa viabilità che, pur con continue modificazioni e superfetazioni determinate dalle necessità e dagli usi, giungerà fino ai giorni nostri.
Le masserie si pongono al centro della organizzazione degli estesi latifondi in cui il territorio ere diviso. Collocate quasi sempre in posizioni strategiche, variavano per dimensioni, per destinazioni d’uso, per forme e funzioni, creando una vasta varietà di tipologie oggi non sempre facilmente individuabili, anche perché, nei periodi successivi, questo termine verrà indiscriminatamente usato per indicare qualsiasi tenuta qualificata come centro di produzione e organizzazione del lavoro agricolo-pastorale.
Le più grosse erano fornite di tutta una serie di ambienti specializzati, destinati alle diverse funzioni che vi si praticavano. In genere non mancava mai una chiesetta per far sì che i lavoratori non dovessero lasciare le campagne, per le funzioni festive, durante i lavori stagionali. Molte di esse durate il XVI e XVII secolo, per fronteggiare i numerosi disordini che stavano sconvolgendola campagna, vengono munite di mura di cinta, garitte, torri merlate e caditoie con funzione difensiva.
Gli altri elementi che costituiscono la masseria sono: l’aia, le stalle, i depositi per gli attrezzi e le sementi. Attorno ad ogni masseria muri e chiusure delimitavano quei piccoli spazi che contenevano colture ortive, alberi da frutta, e quant’altro poteva servire all’auto consumo dei massari o al piccolissimo commercio. Un altro elemento caratteristico che comincia in questo periodo ad essere localizzato sul territorio murgiano è rappresentato dalle "poste". Molte poste sorgono nei territori doganali di Andria, Ruvo, Minervino e Spinazzola, dove ancora oggi molti toponimi ne ricordano l’esistenza anche se, nella maggior parte dei casi, queste strutture sono state trasformate in vere e proprie masserie. Nei territori di Gravina, Garagone e Altamura, vengono realizzati altri manufatti architettonici, destinati all’allevamento ovino, che prendono il nome di jazzi. Queste strutture hanno molte caratteristiche comuni con le poste e ne sono probabilmente una loro diretta derivazione. Anche negli jazzi erano spesso presenti strutture di difesa, come per esempio le pietre taglienti poste in alto lungo le mura perimetrali e sporgenti orizzontalmente per l’avvistamento di eventuali pericoli esterni (lupi, volpi, ladri).
Spesso gli jazzi erano associati alle masserie ora come strutture autonome e distaccate, ora come parte integrante delle stesse. Nel primo caso, che prevale nella fascia lungo il Costone murgiano tra Spinazzola e Gravina, l’associazione tra queste due strutture da luogo ad un vero e proprio sistema bipolare costituito dagli jazzi ubicati sui ripidi pendii delle Murge e dalle corrispondenti masserie situate a valle e aperte sulla vasta pianura della Fossa Bradanica.

Breve storia della Murgia