Illustrate le principali fasi storiche del castello e la sua ristrutturazione a carcere, è possibile ora esaminare più nel dettaglio alcuni aspetti del monumentale complesso che i primi interventi eseguiti ed i sistematici saggi operati in forma coordinata hanno consentito di meglio chiarire.

Muro perimetrale esterno.
II muro perimetrale estemo, spesso non considerato con sufficiente attenzione, presenta non pochi elementi di dubbio in relazione specialmente con la sua parte a nord. Si è già ampiamente detto che il suo impianto è coevo al nucleo centrale: a parte la presenza dell'epigrafe sul lato ovest, le trasformazioni cinquecentesche e poi ottocentesche si sono infatti sovrapposte a muro originario medievale, di cui restano le tracce di cui si è riferito. Tuttavia il suo tracciato doveva essere leggermente più esteso dell'attuale, probabilmente circondando interamente il nucleo centrale: tale ipotesi è legittimata essenzialmente dalla situazione che si riscontra nell'angolo nord-ovest in cui i due muri, nord ed ovest, si interrompono bruscamente e piegano verso le cortine della torre vicina. Orbene l'esame delle murature evidenzia che tale interruzione non è organica con il muro: anzi sul lato ovest è presente una cannoniera cinquecentesca, troppo vicina all'angolo e in parte tompagnata con la muratura in pietra che costituisce l'angolo stesso; muratura che sotto il profilo costruttivo e tipologico sembra da mettere in relazione ai lavori di ristrutturazione del XIX secolo. Tale situazione fa legittimamente ipotizzare che la muratura ovest proseguisse originariamente (e fino almeno al XVI secolo) in linea retta verso mare.
L'esame del rilievo ottocentesco d'altra parte, non fornisce elementi di chiarificazione: in esso, infatti, è visibile il muro che piega verso la torre di nord-ovest, ma quello presente a nord non è neanche riportato. Tale macroscopica mancanza, peraltro, è facilmente spiegabile ove si pensi che, essendo il rilievo finalizzato allo studio delle opere di ristrutturazione a carcere, la presenza del muro a mare, estraneo al nucleo oggetto della ristrutturazione stessa, poteva essere completamente trascurata. Circa il tratto di muratura di raccordo tra cortina ovest e torre nord-ovest è evidente una leggera diversità tra l'andamento riportato nel rilievo e quello attuale: ciò è probabilmente dovuto ai lavori di rifacimento del muro in relazione a possibili danni subiti dallo stesso per effetto dell'azione del mare.
Ma il problema più interessante è posto proprio dal muro a nord: di altezza molto ridotta (non supera m. 3 dal livello del mare) è costituito da grossi blocchi in pietra a bozze rilevate, con merli di spessore cm. 60, lunghi m. 2,00 ed interasse m. 2,70, e freccere che presentano all'estemo un foro circolare del diametro di circa cm. 30. Tali elementi non trovano riscontro in altra parte del complesso monumentale, tanto che si è spinti ad ipotizzare una ulteriore fase o almeno la realizzazione del muro perimetrale estemo in due momenti differenti. Ne sono stati di aiuto alcuni saggi eseguiti nel bastione quadrangolare nord-est, interrotti peraltro senza che fosse acquisito alcun dato certo. D'altra parte è ancora la cortina ovest ed in particolare il suo angolo nord-ovest ad offrire alcuni elementi chiarificatori: il suo attento esame evidenzia che la parte basamentale è realizzata con una muratura dello stesso tipo e caratteristiche del muro a nord, confermando quindi l'organicità di detta struttura con il sistema difensivo del castello. Poiché tale parte basamentale emerge appena dal materiale di riempimento accumulatosi nel fossato, non è possibile, al momento, conoscere se essa sia presente lungo tutto il perimetro (magari nascosta dal terreno di riporto) e se sia stata poi sopraelevata con il muro oggi visibile, costituito da blocchi in pietra di dimensioni più ridotte e di fattura più semplice.
L'insieme di tali elementi, pur non portando a risultati conclusivi, giustifica comunque l'ipotesi di un muro perimetrale estemo, che circondava il nucleo centrale senza le interruzioni oggi presenti: approfondimenti e ricerche non mancheranno di portare chiarimento a tali delicati quesiti.

Il lato nord.
II corpo di fabbrica che prospetta verso mare è stato quello sul quale in via prioritaria sono state compiute organiche indagini. Causa di questa particolare attenzione, da un lato, la necessità di urgenti interventi di restauro - in particolare per le abbondanti infiltrazioni d'acqua -, dall'altro la ricchezza dei resti dell'apparato decorativo del doppio ordine di loggiati e la presenza delle bifore verso mare, che lo indicano come la parte meglio conservata dell'edizione federiciana, oltreché quella più importante del primitivo impianto castellano.
Prima di passare al puntuale esame dei risultati delle indagini eseguite, è opportuno descrivere lo stato del primo piano cosi come è risultato a seguito delle stonacature e delle demolizioni dei tramezzi ottocenteschi, realizzati per definire le celle del carcere. Tali demolizioni hanno infatti portato in luce un salone che occupa l'intero lato nord (compresa la torre di nord-est, il cui paramento a contatto con il salone fu demolito in epoca non determinata), di grande suggestione ed interesse, con i paramenti murari in pietra e la volta a botte in tufo: tale volta è direttamente appoggiata al muro a nord, mentre su quello a sud, di dimensioni nettamente inferiori e incapace quindi di sopportare spinte notevoli, essa si origina da pilastri realizzati in addossamento alla muratura. L'insieme delle coperture, peraltro, è facilmente databile al XIX secolo sia perché i relativi lavori sono previsti nel progetto di cui si è fatta menzione sia perché, dall'esame del plastico, la copertura, alla fine del secolo XVIII risultava essere ancora a tetto (e non piana come è attualmente), sia per le stesse caratteristiche costruttive delle volte e dei pilastri. D'altra parte l'esecuzione della volta aveva portato alla tompagnatura degli occhi circolari che erano presenti, in alto, lungo il lato nord (ancora perfettamente integri e visibili dall'esterno), restati inglobati nel riempimento delle volte.
L'esame attento e minuzioso delle murature ha peraltro evidenziato elementi di notevole interesse: lungo la muratura, lato sud del salone, sono infatti visibili a distanze regolari segni di ripresa del paramento murario di larghezza di cm. 60 che vanno dal piano di calpestio fino alla volta in tufo; sulla parete di fronte sono presenti tracce identiche ma con inizio ad una quota di circa m. 3,00 dal piano di calpestio.
I saggi eseguiti nel rinfianco e più in generale sulle coperture, nel confermare tale situazione, hanno portato peraltro in luce altri elementi: in particolare un camminamento, realizzato sul muro a nord, delimitato dalla cortina esterna (recante ancora le merlature tompagnate) e dal paramento intemo che si innalza di qualche decina di centimetri dal piano di calpestio del camminamento stesso, presentando gli alloggiamenti degli appoggi di capriate lignee (a distanze costanti).
L'insieme di questi dati indica chiaramente che le coperture hanno subito diversi rifacimenti:
- la primitiva copertura era costituita da arconi trasversali, impostati su mensole sul lato mare, e su lesene del lato opposto, sagomati a timpano, portanti travi lignee longitudinali; essa era quindi a tetto, mentre al suo fianco vi era il camminamento piano sul muro lato mare, necessario per la difesa. È appena il caso di notare come la tipologia costruttiva degli arconi trasversali e solai con travi lignee disposte longitudinalmente sia frequentissima nei castelli federiciani: le esemplificazioni sono molte e facilmente verificabili anche nei complessi più vicini (castello svevo di Bari, castello di Sannicandro di Bari, ecc.);
- a seguito della demolizione e/o del crollo di tali strutture si fece ricorso successivamente a capriate in legno, di cui sono stati rinvenuti gli appoggi, ma non i necessari ulteriori elementi circa l'andamento delle falde;
- ultima fase, quella ottocentesca, con eliminazione delle strutture lignee, realizzazione della volta a botte e conseguentemente di un unico piano di calpestio delle terrazze, coprendo l'antico camminamento di ronda e parte delle merlature (a loro volta completamente tompagnate).

Il lato sud.
Nel corso della relazione si è già avuto modo di indicare le principali trasformazioni subite dal corpo di fabbrica, in relazione specialmente alle modifiche cinquecentesche. Appare opportuno, a questo punto, integrare quanto già esposto dettaglindo in forma più analitica tali trasformazioni evidenziatesi a seguito delle stonacature e dei saggi eseguiti, riferendole essenzialmente ai tre periodi:
- periodo federiciano: si è detto che il corpo di fabbrica era costituito da un piano terra coperto con porticato e piano primo soprastante con caratteristiche simili a quelle del salone lato nord. L'accesso al primo piano avveniva mediante una scala esterna addossata al lato ovest, che è restata praticamente intatta, ancorchè inglobata nelle strutture cinquecentesche e, da allora, probabilmente disattivata. Infatti, dall'interno di un vano presente nella muratura trasversale, in cui essa fu inglobata, destinato a camino, sono visibili coperte da uno spesso strato di fuliggine, gli elementi decorativi che ornavano le fronti dei gradini. Tale scalone dava accesso al primo piano in una sala, quella dell'angolo sud-ovest, che è l'unica del primo piano ad non essere stata interessata dall'ispessimento del muro a sud e quindi, quella che ha conservato i caratteri originali, evidenziati a seguito dell'eliminazione del materiale di risulta, accumulato per poter portare il livello del piano di calpestio alla nuova quota della ristrutturazione rinascimentale. Tale sala, occupata in parte da una breve rampa che completa la scala rettilinea; doveva servire come vano di ingresso ai bracci sud ed ovest, oltrechè per accedere alla scala a chiocciola presente nella torre adiacente attraverso la piccola porta in vicinanaza dell'angolo sud-ovest.
Malgrado le ricerche svolte, non è stato peraltro possibile individuare come l'accesso fosse isolato dall'esterno, non essendo visibili cardini o battute di infissi, nè alcun altro sistema fisso o mobile di chiusura. Circa la scala a chiocciola, è da dire che essa non presenta uscite in corrispondenza del piano secondo, ma solo in terrazza: ciò è perfettamente comprensibile, considerato che la stessa è in relazione all'edizione medievale del castello (quando appunto vi era un solo piano superiore dell'ala sud, quello da cui partiva) e che essa fu probabilmente disattivata al momento della ristrutturazione cinquecentesca, in quanto ubicata esattamente lungo il passaggio che mette in comunicazione le coperture del nucleo centrale del castello, con il bastione sud-ovest e quindi di ostacolo per i collegamenti tra le coperture stesse. D'altra parte, nell'edizione medievale, la torre sud-ovest doveva elevarsi di diversi metri nei confronti dei corpi di fabbrica adiacenti (come avviene ancora oggi per le torri nord-ovest e nord-est) e quindi pare perfettamente plausibile l'ipotesi avanzata secondo la quale al momento di dotare il castello del nuovo strumento difensivo costituito dal bastione si dovette contemporaneamente cimare la torre e disattivare la scala. Sulla strutturazione dei saloni di primo piano presenti su questo lato, gli unici che ne testimoniano l'esistenza sono gli occhi circolari ed i resti di bifore visibili sulla cortina sud, che richiamano quelli presenti su quella nord del corpo di fabbrica verso il mare, tanto da legittimare l'ipotesi di una soluzione costruttiva tipologicamente simile. Ancora poco chiaro, infine, lo stato iniziale del piano terra di abbrsso est al castello (che immetteva direttamente nel porticato) e dei locali ad esso adiacenti: in particolare la presenza di una scala, in parte modificata dagli interventi successivi, e di alcuni locali a piano terra sono, per il momento almeno, ancora in fase di studio.
- Ristrutturazione cinquecentesca: i lavori di ristrutturazione portarono al completo stravolgimento dei caratteri iniziali. Lo spessore del muro verso sud fu incrementato fino a m. 7.00, il porticato fu eliminato ed i pilastri inglobati nei setti trasversali, al posto dell'unico piano superiore si realizzarono due livelli con doppio ordine di cannoniere e doppio loggiato prospiciente il cortile interno.
La scala esterna, cui si è fatto cenno, fu inglobata nella muratura e, sull'angolo opposto, in sua sostituzione fu realizzata una scala a chiocciola, i cui gradini furono ottenuti scalpellando e sagomando le pietre tombali di una necropoli: sono, infatti, visibili ancora oggi stemmi ed epigrafi presenti su tali lastre. Questo elemento, apparentemente di scarsa importanza, è invece illuminante sul tipo di trasformazione subito nel Cinquecento dal castello: nell'accentuata caratterizzazione militare dello stesso, infatti, si tendono a trascurare gli aspetti formali per mirare esclusivamente a quelli funzionali e difensivi: ecco perché si è detto che è ipotizzabile la demolizione del loggiato medievale, estraneo ormai al nuovo contesto oltreché inutilmente ingombrante.
Circa la ristrutturazione del vano d'accesso nell'angolo sud-est, esso dovette essere disattivato al momento dell'ispessimento del muro a sud. Poiché peraltro l'ingresso principale al castello restò (ed è tutt'ora) quello ad est attraverso il ponte in muratura e quindi il ponte levatoio, di cui restano chiare ed inequivocabili tracce, non è stato al momento chiarito quale fosse l'ingresso al cortile interno, dato anche l'innalzamento di quota del piano di calpestio dei cortili esterni (basti osservare il dislivello presente tra la soglia dell'ingresso medievale ad est del quadrangolo centrale e la quota attuale del cortile, che corrisponde a quella della trasformazione cinquecentesca).
- Ristrutturazione ottocentesca: sul lato sud, sono presenti solo modesti interventi, ancorché dagli effetti piuttosto gravi. La definizione delle celle portò infatti da un lato alla necessità di un corridoio di servizio estemo a primo piano, e di un corridoio interno al secondo: nell'un caso e nell'altro comunque si dovette procedere alla tompagnatura dei loggiati, visibili nel plastico settecentesco ancora aperti. Ma quel che è più grave la necessità di illuminare ed aerare le celle portò alla rottura in breccia della muratura nel punto di maggiore debolezza delle stesse e cioè lì dove erano presenti le cannoniere, di cui restano quindi oggi solo limitate parti, peraltro sufficienti per la loro ideale ricostruzione. Ancora una volta fu sconvolto il precedente sistema dei collegamenti verticali ed in particolare la scala a chiocciola cinquecentesca fu disattivata.