La Cappella di S.Giovanni Battista ha un altare sttecentesco, sobrio ed elegante.Sulle parete è posto il quadro che rappresenta S.Giovanni Battista in alto, in basso a destra S.Leonardo, a sinistra S.Donato e S.Gregorio Magno. L'altare esisteva già nella vecchia chiesa.Avanti detto altare vi era la sepoltura della famiglia Ippolito.
Una bella scultura in pietra della Madonna in tronco col Bambino, che probabilmente era nella cappella di Maria di Costantinopoli, è oggi nella nicchia della parete laterale dll'altare.Attribuita erroneamente alla mano di Stefano da Putignano, appartiene senz'altro alla cerchia degli autori di madonne del primo Seicento.