La prima costruzione della chiesa di S.Francesco d'Assisi risale, a quanto si rileva da taluni documenti, al XIII secolo ed era localizzata fuori dalle mura della città di Monopoli.
La chiesa risultava definita a ovest da un giardino, verso le Fontanelle dal mare e verso sud dalle mura della città.
La chiesa certamente era in stile romanico ad una navata e seguiva l'architettura romanica della Basilica della Madia, edificata nel 1117.All'interno era presenti le seguenti cappelle:
Cappella di S.Chiara e di S. Stefano,Cappella Corpo di Cristo,Cappela di S.Matteo,Cappella di S.Bartolomeo,Cappella di Santa Maria degli Angeli.
(disegni tratti da "Monopoli - tra storia e immagini, dalle origini ai nostri giorni" di Saponaro Vincenzo )
