Nel 1531 Carlo V, per proteggere nel migliore dei modi il suo regno, ordinò che tutti i monasteri, i casini e le torri situate vicino alle mura della città, venissero allontanate o fatte rientrare nella città. Le ricchezze di cui disponevano i francescani non consentivano di edificare chiesa e convento, quindi si dovette attendere il contributo degli abitanti.
Grazie al contributo economico dei due vescovi francescani succedutisi al governo della Diocesi di Monopoli, Teodoro Pio e Ottaviano Preconio, la nuova chiesa ed il nuovo convento furono costruiti nell'abitato, e propriamente in luogo detto "quattro bocche". La legge di Carlo V venne emanata dopo il 1529-1530 quando cioè il monastero e chiesa erano già stati devastati e rasi al suolo, negli anni in cui i veneziani tennero in possesso la cittadina pugliese (1495-1530), durante le vicende della guerra franco-spagnola. L'iscrizione sopra la porta piccola che esisteva presso Piazza Garibaldi, nella chiesa Cinquecentesca, ricorda proprio il finanziamento del Vescovo Ottaviano Preconio.