La cappella dell'Altare Maggiore, sarebbe stata eretta, nella vecchia chiesa, dalle famiglie Indelli e Carbonelli. Difatti, da quanto risulta , fu Giovanni Indelli nel testamento del 29 maggio 1578 a legare a S.Francesco 200 ducati per la cappella dell'Altare Maggiore; i Padri erano tenuti a celebrare quotidianamente una messa in suo suffragio.Nel luglio del 1752 il Convento poi, stipuò lo strumento con il marmoraro di Napoli, Nicola Lamberti, che aveva già lavorato per l'altare e il pavimento della Cappella della Madia in cattedrale(1751).
L'altare in questione risulta tutto lavorato in marmo, il che gli dona una lucentezza particolare;nel retro si può notare il coro in noce, che il Colangiulli mantenne al momento della riedificazione.Si pensa che l'intera opera costò al convento circa 1000 ducati.
Di particolare rilievo è la balaustra, sempre in marmo, che è giunta ai giorni nostri dopo una serie di studi e modifiche e l'hanno portata da uno schema più rigido(a causa della forma retta e della presenza del canceletto) ad uno schema più armonico a pianta aperta e curva.