La prima considerazione fu quella che Stazione di Bari Centrale era posta sul fascio di binari che tagliava in due la cittą, separando nettamente la cittą prenovecentesca dall'area di espansione pił recente, quindi era su questo aspetto che bisognava porre l'attenzione. Il fabbricato della stazione si collocava a sigillare questa cesura in fondo all'asse urbano della via Sparano, cardine del quartiere Murat.
Conseguenza di questo fatto era che i tre sottopassi attualmente esistenti nella cittą fossero utilizzati non solo da viaggiatori, ma anche cittadini per l'attraversamento della cittą. L'idea di Renzo Piano fu quella di ricucire, almeno a livello pedonale, il tessuto urbano, concentrando su un unico asse tutte le funzioni connesse alla stazione: dai parcheggi auto alla stazione dei bus.
La proposta di Piano fu quella di concepire la Stazione Centrale come una piazza per la cittą, il tramite della realizzazione di un ponte gettato sopra i binari ed incastrato tra l'attuale fabbricato viaggiatori sulla piazza Aldo Moro ed un nuovo fabbricato che avrebbe rispecchiato il primo, posto sul lato di via Capruzzi.
La nuova piazza della stazione sarebbe diventata un importante luogo d'incontro e di scambio legato non solo al transito dei viaggiatori del treno, ma anche a quello dei cittadini che si spostavano lungo il principale asse urbano.
La proposta dell'Arch. Piano avrebbe inoltre eliminato la scomoda frammentazione delle F.S. in altre ferrovie in concessione, con l'attuale presenza caotica di varie biglietterie, varie sale d'aspetto e servizi connessi, concentrando e razionalizzando nel nuovo fabbricato le compagnie ferroviarie minori. Per quanto riguardava il piano di stazione, lo studio prevedeva, in ingresso da nord, la posa di cinque coppie di binari.
La prima coppia, lato est, proveniente da Barletta, si sarebbe attestata lateralmente al fabbricato viaggiatori esistente. L'ultima coppia, lato ovest, proveniente da Altamura, si sarebbe attestata al nuovo fabbricato viaggiatori. Le tre coppie centrali costituivano le linee regionali e nazionali e potevano proseguire verso Lecce mediante gli itinerari previsti dalla radice lato sud. Al lato sud, gli arrivi previsti dalla linea di Lecce, sarebbero stati selezionati gią in ingresso, con l'arrivo nei binari di stazione specializzati per il successivo inoltro sulla linea dedicata.
Sul lato sud, infine, si sarebbe prevista una coppia di binari delle Ferrovie Sud-Est , che si sarebbe attestata al nuovo fabbricato viaggiatori specularmente alla linea proveniente da Altamura.