L'università è una corporazione che raggruppa la totalità (universitas) dei maestri e degli studenti di una stessa città.
Il XIII secolo, secolo delle corporazioni, è anche il secolo delle università che si organizzano progressivamente e conquistano una propria autonomia contro i poteri laici ed episcopali con l'appoggio del papato. L'organizzazione univesitaria del XIII secolo segna l'integrazione della vita intellettuale con la vita delle città. Ma il reclutamento e gli orizzonti dell'università superano largamente il quadro urbano. Le grandi università del XIII secolo, Parigi, Bologna e Oxford, hanno accoliti in tutta la Cristianità e rilasciano la licenza per insegnare ovunque (licentia ubique docendi). Parigi offre il miglior tipo di organizzazione universitaria del XIII secolo: l'università è suddivisa in quattro facoltà: tre facoltà superiori (Decreto o diritto canonico, medicina e teologia), e facoltà di arti (arti liberali), che è di gran lunga la più numerosa. Ogni facoltà superiore è diretta dai propri maestri titolari, i professori (régents), aventi alla testa un preside (doyen). La facoltà delle arti è divisa in quattro «nazioni» (francese, piccarda, normanna, inglese) dirette da procuratori: al di sopra dei quattro procuratori, il rettore dirige la facoltà delle arti. L'assemblea generale dell'università raggruppa tutti i maestri e tratta i problemi comuni alle quattro facoltà. Il rettore della facoltà delle arti diventa, alla fine del XIII secolo, il capo dell'università. Viene eletto per un trimestre soltanto, ma è rieleggibile. Egli gestisce le finanze dell'università e presiede l'assemblea generale. Le altre grandi università (Oxford, Bologna) hanno un'organizzazione simile con alcune varianti: a Bologna sono gli studenti, non i professori, che governano l'università, ma tutti hanno un proprio potere fondato su tre privilegi essenziali: autonomia giuridica con potere di appello al papa, diritto di sciopero, monopolio del conferimento dei gradi universitari. Il cursus universitario è generalmente il seguente: insegnamento di base alla facoltà delle arti dai quattordici ai vent'anni, convalidato in due tappe dal baccellierato dopo due anni, e dal dottorato (laurea) al termine degli studi. Medicina e diritto sono insegnati fra i venti e i venticinque anni. La teologia esige una quindicina di annni di studi, e l'età minima per la laurea è fissata a trentacinque anni. L'organizzazione dei programmi e degli esami varia secondo i tempi e i luoghi, ma la religione ha ovunque, durante tutto il Medioevo, una grande importanza nell'ambiente delle università. La devozione si indirizza principalmente a san Nicola, patrono degli studenti, ma la devozione a Maria trova un terreno favorevole nel mondo dei chierici che è costituito essenzialmente da uomini e da celibi. Lo sviluppo delle università è sostenuto nel XIII secolo dall'evoluzione della tecnica del libro (fogli di pergamena più bianchi e più sottili) e della scrittura (ricomparsa del corsivo, uso generale del gotico minuscolo, abbandono della canna a favore della penna d'oca). L'universitario del XIII secolo elabora i suoi utensili ma anche il suo metodo intelletuale: la scolastica.
Ma ancor prima del declino della scolastica, le università soffrono della loro dipendenza materiale in rapporto alla Chiesa. I maestri vivono di benefici ecclesiastici e una tale dipendenza finisce per escluderli dall'evoluzione tecnica, economica e sociale. Inoltre l'università diventa il terreno di lotta della fazioni della Chiesa: dalla metà del XIII secolo l'università di Parigi è scossa dalle rivalità fra secolari e regolari (domenicani e francescani). Nel XIV secolo, le università si moltiplicano in tutta Europa e si organizzano secondo il modello parigino o bolognese. Ma questa espansione, legata al frazionamento dell'Europa in stati nazionali e obbedienze religiose (Grande Scisma: 1378-1415), è accompaganta da un declino del livello degli studi, da una sclerosi dei metodi.
Gli interventi ripetuti dell'università di Parigi in campo politico al momento dello scisma e della guerra civile fra Armagnacchi e Borgognoni, le tolgono una parte di autorità, e i suoi dottori, dopo aver condotto il processo di Giovanna d'Arco, perdono i loro antichi privilegi: privilegio fiscale (1437), giuridico (1445), diritto di sciopero (1499).

Jacques Le Goff, La civiltà dell'Occidente medievale