Nato nel 1160 da nobilissima famiglia romana, Lotario dei conti di Segni compì studi di teologia a Parigi e di diritto a Bologna, dove acquistò uno spirito giuridico molto rigido, senza essere un grande giurista come il suo predecessore Alessandro III (Orlando Bandinelli, 1159-1181). Riceve gli ordini minori nel 1185 e scrive opuscoli mediocri fra cui un convenzionale De contemptu mundi.
Eletto papa nel 1198, il suo pontificato segna l'apogeo del potere pontificio. Egli si considera come il vicario non più di san Pietro, ma del Cristo stesso sulla terra. Pretende dunque, attraverso la supremazia spirituale (plenitudo potestatis spiritualis) e per intervenire contro il peccato (ratione peccati), di agire, in qualità di luogotenente del Cristo, come re dei re (rex regum), di «innalzarsi al di sopra dei principi e giudicarli».
Esercitò ed estese la sovranità pontificia sulla maggior parte degli stati cristiani, intervenne in Aragona, in Castiglia, nel Portogallo, in Norvegia, Boemia, Ungheria, e soprattutto in Sicilia, in Germania, in Inghilterra, perfino in Francia, dove non fu mai esercitata la sovranità pontificia. Interferì nelle vicende matrimoniali di Filippo Augusto, si servì del re di Francia contro il re d'Inghilterra e contro l'imperatore Ottone IV, che egli combatteva a vantaggio del suo pupillo, il giovane re di Sicilia Federico II, il quale doveva essere un così temibile nemico per i suoi successori. Ottenne in questo campo il suo maggiore successo in Inghilterra, ove Giovanni Senzaterra dovette capitolare e mettere il suo regno sotto la sovranità della Santa Sede. Ma riconoscendo con il decretale Per venerabilem (1203) che il re di Francia era indipendente dall'imperatore (rex imperator in regno suo), fornì un aiuto considerevole al nazionalismo monarchico che si rivoltò contro il papato.
I successi riportati durante il suo pontificato contro l'eresia e lo scisma greco furono tali solo mediante l'uso della forza (crociata degli Albigesi, presa di Costantinopoli da parte dei crociati nel 1204). Convocò e fu a capo del quarto Concilio Lateranense (1215), che fu un aggiornamento della Chiesa dopo le grandi trasformazioni materiali e spirituali dell'XI e XII secolo (organizzazione dell'insegnamento, obbligo della confessione annuale, interdizione delle ordalie) ma non seppe promuovere una riforma profonda della Chiesa. Innocenzo III seguiva personalmente ma con sfiducia le iniziative, a suo parere troppo ardite, di san Domenico e soprattutto di san Francesco, e volle imporre ai loro ordini (gli ordini mendicanti) delle regole che li mantenessero in stretta obbedienza alla Chiesa e alla Santa Sede.
Morì nel 1216.

Jacques Le Goff, La civiltà dell'Occidente medievale