All'interno la struttura originaria era di tipo basilicale di derivazione paleocristiana. La chiesa ha tre navate, quella centrale più larga, sia della navata sinistra, sia della navata destra, ed una volta formata da capriate originali. Una serie di archi slanciati lega le colonne l'una all'altra. Ciascuna navata è ripartita da due file di otto semicolonne che poggiano su pilastri, queste hanno alla loro sommità dei capitelli scolpiti, ad intagliature quasi orientali, sui quali poggiano le arcate a doppia ghiera.
Le semicolonne che dividono le navate non sempre sono, tra loro, omogenee per materiale, diametro ed altezza; omogenee sono invece le semicolonne interne all'abside centrale che concludono la successione regolare delle arcate e fungono da elemento architettonico di raccordo tra navata ed abside. I fusti delle semicolonne sono composti da blocchi calcarei sovrapposti e con leggere rastremazioni in modo da offrire una maggiore superficie di resistenza ai carichi delle murature superiori. Tutti i capitelli rispecchiano la forma tradizionale propria del romanico, e nei vari intarsi vengono espresse foglie con figure di animali, a doppio o triplo ordine di felce, ad una o due zone di palmette. Alcuni capitelli non sono lavori originari, ma sostitutivi delle parti andate perdute nello scalpellamento, quando nel 1776 si volle riassettare la basilica in chiave barocca. Per quanto riguarda gli altari che si susseguirono nella chiesa, c'è da dire che dell'altare basilicale originario non ci rimane più nulla, in quanto questo fu demolito nel 1500 assieme al ciborio. Mentre non vi è alcuna indicazione sulla forma dell'altare che sostituì quello basilicale e perciò di questo si può solo dire che fu rimosso intorno al 1748, anno in cui il Capitolo della Amalfitana decise di sostituirlo con l'altare di marmo realizzato dal mastro marmoraro Nicolò Lamberti. L'altare che fino a qualche anno fa si vedeva nella chiesa era di recente costruzione (primi del '9OO) e sostituì quello del Lamberti.
Secondo alcuni storici sotto l'Altar Maggiore esiste la vera confessione (o cripta) che è diversa da quella scoperta dall'abate Lorusso nel 1911. Si pensa ciò, perchè alcuni documenti dell'A.U.D., risalenti alla fine del XVI secolo, parlano di alcune sepolture proprio sotto l'Altar Maggiore. Altre tombe che tali documenti dicevano essere presenti dietro lo stesso altare, sono state rinvenute durante dei lavori di consolidamento eseguiti intorno alla metà degli anni novanta.
Nella chiesa dal 1300 in poi furono fondate varie cappelle con annessi altari, di cui oggi, dopo i lavori di restauro del 1930, non ci rimane che la sola Cappella del Crocifisso.
All'interno della chiesa è anche presente un'acquasantiera cinquecentesca, che dopo tanti anni di abbandono è stata rimessa al suo posto.
Per quanto riguarda gli altri elementi funzionali della chiesa, possiamo dire che l'organo, fino al primo '700, era ubicato presso la sagrestia, poi per motivi ornamentali e per dar maggior luce alla sagrestia fu deciso di sistemarlo sopra la porta maggiore della chiesa. Nel 1724 fu realizzato un nuovo organo perchè il precedente era ormai fuoriuso.
Del coro dell'Amalfitana si hanno alcune notizie già dal 1586. Nel 1727 questo fu spostato dietro l'Altar Maggiore, mentre prima era situato al lato di esso. Poi nel 1843 si decise la costruzione di un nuovo coro in quanto il precedente era molto fatiscente.
L'accesso alla sagrestia era garantito da una porta situata nelle vicinanze del coro ed in un angolo di questa vi era la porta che permetteva di raggiungere il campanile e l'atrio.
È importante ricordare che alla sinistra della porta maggiore vi era una piccola cappella con il battistero, che però oggi risulta murato.
La chiesa superiore è la più antica della città di Monopoll e fu costruita dagli amalfitani nella prima metà del Xll secolo, cioè nel periodo di maggior fioritura ed epansione della potenza economica e commerciale di Amalfi.
La chiesa, tutta in muratura, è divisa in tre navate, la centrale più larga delle laterali che terminano in tre absidi semicircolari; le due laterali che sono più piccole di quella centrale furono demolite durante il corso degli anni per far posto ad altri fabbricati addossati alla chiesa.
La facciata originaria della chiesa fu di tipo basilicale a salienti con tetto spiovente. Questa parte, così come il resto della chiesa, subì nel XVIIl secolo vari rifacimenti in stile barocco. Con i lavori di restauro del 1932 si cercò di ripristinare la facciata romanica, cancellando il rifacimento settecentesco, ma ebbe il sopravvento la sovrapposizione di culture diverse. A riscattare l'effetto sinistro della facciata barocca, sta la stesura della facciata sud della chiesa, leggibile in chiave romanica, una volta liberata dai contrafforti e dall'appoggio dell'attigua chiesa di S.Giuseppe.
L'esterno dell'abside centrale mostra ancor oggi l'impronta architettonica e decorativa originale, questa è divisa orizzontalmente da una fascia in due piani; con colonne angolari e mediane, terminate con capitelli romanici, invece le due absidi laterali sono solo sormontate da due aperture a forma di occhio ornati da cornici circolari. Però come è stato detto precedentemente delle due absidi laterali originali non ci resta nulla, in quanto queste sono state ricostruite ex novo. L'abside destra fu distrutta perchè il Capitolo dell'Amalfitana avendo fatto costruire la sagrestia a ridosso dell'abside, ha poi avuto bisogno di spazio per gli armadietti murali della sagrestia, quindi fu necessaria la demolizione dell'abside, che sembrava ingombrante a tal fine. Con la demolizione della sagrestia, avvenuta durante i lavori di restauro del 1934, si sono rinvenute sotto al pavimento di essa le autentiche fondamenta dell'abside e all'angolo del pure addossato campanile, un corso della cornice ornamentale della base delle tre absidi.
L'abside sinistra fu, invece, demolita nel XVII secolo per costruire la cappella della Chiesa di S. Giuseppe, che fu addossata all'abside centrale. Con la demolizione, nel 1932, della cupola e della sagrestia della Chiesa di S.Giuseppe, di cui oggi non ne rimane che il prospetto principale, fu rinvenuto il fondamento autentico di tale abside e diversi pezzi di cornice della stessa, che oggi sono stati rimessi al loro posto.
Uscendo sul cortile si vede la parete sinistra adornata da una cornice sorretta da mensole architettoniche, alterne ad altre figurate. Teste e protomi si susseguono alle mensole e sono disposti a distanze disuguali. Le immagini che si susseguono fanno parte delle varie stirpi, avvicendatesi nella cultura della città: un moro ricciuto, un turco col turbante e grandi baffi, chioma e barba, labbra socchiuse, teste con occhi di sfinge ed in ultimo la lotta tra il mondo animale (coccodrillo e bestia amorfa) e l'uomo.
Gli scultori di tali opere sono certamente i maestri che alla fine del mille sono attivi a Monopoli ed appartengono alla tradizione della cultura greco-bizantina e normanna. lnoltre si può vedere che in ciascuna delle absidiole laterali vi sono sette pomelli riccamente lavorati, mentre sull'abside centrale poggiano dodici colonnine, tre in ogni angolo, sovrapposte e di diversa lunghezza, terminanti con piccoli capitelli che poggiano su dei piedritti. La monofora centrale è ornata con colonnine, che poggiano su dei leoni (a destra un leone scalpellato poggia su un leoncino, mentre quello di sinistra è andato distrutto) e terminano con dei capitelli. Al disopra dei capitelli ci sono degli altri leoni (il leone di destra poggia su un capitello; quello di sinistra su dei leoncini) sui quali si sviluppa un piccolo arco. Una meravigliosa ghirlanda di ornato divide le prime colonnine dell'abside centrale dalle altre due. Faceva parte della chiesa anche un campanile del XII secolo, che fu distrutto nel 1935. Questo si ergeva sulla sinistra di chi guarda la chiesa dall'entrata principale; alta torre squadrata, una delle tante tipiche della città che aveva oltre alla funzione di campanile anche quella di torre civica.