L'interno ha una sola navata, con cupola a vela, su pennacchi e tamburo quadrato, nella zona centrale; essa raggiunge, nel punto più alto dell'intradosso, un'altezza di 9,70 metri.
Detta cupola è preceduta e seguita da due volte a botte di eguale grandezza, che hanno un'altezza massima d'intradosso di metri 7,60. Su entrambe le pareti della chiesa, si trovano, rispettivamente, tre archi ciechi a tutto sesto (i nicchioni), disposti in modo simmetrico; questi non sono praticabili bensì servono solo per lo scarico dei pesi delle pareti e quindi per dare ornamento e ariosità ai due tratti coperti a botte.
Di dimensioni
più grandi sono quelli che si trovano in corrispondenza delle volte a botte, che scaricano sulle pareti di appoggio carichi superiori rispetto alla volta a vela situata nella zona centrale. Detti archi hanno una corda di 2,40 metri e un' altezza massima di 4,15 metri.
I centrali, dalle dimensioni inferiori, hanno una corda di 1,40 metri e un'altezza massima di 3,60 metri. La soluzione è di notevole importanza per l'aderenza della distribuzione delle masse resistenti al giuoco delle spinte, e prova la conoscenza che i costruttori pugliesi avevano del funzionamento statico delle strutture a vela. Infatti, la cupola centrale è contraffortata alla giusta altezza dalle lunghe botti longitudinali e da quelle trasversali, brevi, ma di sufficiente sviluppo ai fini della stabilità. Queste ultime trovano esuberante contrafforte nei quattro blocchi di muratura che sostengono le botti longitudinali; lo spessore dei blocchi di muratura li rende atti a contrastare alle botti longitudinali e nello stesso tempo consente l'apertura dei nicchioni.
A caratterizzare la duplice simmetria della partitura interna concorrono anche il disegno del pavimento, gli ingressi posizionati sull'asse trasversale (dei quali quello sud è completamente murato) e le rispettive monofore poste in prossimità delle ghiere degli archi, alle quali corrispondono, esternamente, un oculo sulla parete nord e un rombo sulla parete sud. Cornici marca-piano segnano l'imposta dei fornici e nelle pareti del presbiterio fungono da premessa all'arco del catino absidale che completa la navata.