La Chiesa per evitare la dilagante profanazione delle tombe ubicate fuori la cinta muraria, dopo la costruzione delle mura perimetrali, necessarie per difendere l'incolumità degli abitanti dalle minaccie esterne, permise in un primo tempo la sepoltura nelle immediate vicinanze degli edifici di culto e solo successivamente nel loro interno. Si verificò così l'evento di offerte di beni da parte dei cittadini di ogni ceto sociale affinchè venissero edificate queste "fabbriche" (chiese) che sarebbero poi diventate luogo di sepoltura. 
Con quest'ottica va vista la chiesetta di Santa Margherita sita in Bisceglie; infatti nelle genesi di questo edificio devono essere valutati opportunamente la personalità del committente e quindi la sua potenzialità economica, nonchè l'esperienza e la capacità tecnica del progettista.La piccola chiesa di Santa Margherita fu costruita nel secolo XII dalla nobile famiglia Falconein Bisceglie. Questa cittadina sorse, tra il '900 e il 1000, per opera del conte Pietro sul povero borgo contadino e marinaro di "Vescègghie" nome derivante dalle querce che vegetavano tutt'intorno (da viscile o viscilia, voce basso-latina indicante un tipo di quercia, connessa con viscum, il vischio, pianta parassita di cui tale quercia è ricca). La famiglia Falcone (o Falconi), celebre per molti illustri personaggi che si distinsero durante la dominazione Sveva e Angioina in Puglia, è la più antica e nobile famiglia biscegliese, proprietaria di molti beni in Puglia fin dal IX secolo. Imparentati con i bizantini, i Falcone avevano assimilato gusto e costumi greci che, non disgiunti da abilità politica, ne fecero dalla fine del XII al XVII secolo la famiglia più rappresentativa e più forte in paese, che certamente, in un' altra epoca e un altro clima, avrebbero costituito un Signoria.
Si suppone che la storia dei Falcone si identificò per quattrocento anni nella storia stessa di Bisceglie. Del paese portarono antonomasticamente il nome (erano appunto detti i “De Vigiliis”), secondo un uso antico di denominare
la famiglia più ragguardevole di un paese col nome del paese stesso. Della loro presenza in città rimane, splendido esempio di gusto e munificenza, la chiesetta di Santa Margherita, uno dei più puri ed armonici monumenti romanici pugliesi; ammirevole specialmente per la sua perfetta tessitura muraria e per i tre sepolcri addossati al suo fianco sinistro. Infatti, come si legge in un documento del tempo, la chiesa di Santa Margherita venne fondata, consacrata (con il consenso del vescovo Bisanzio) e dotata da Falco il 12 gennaio del 1197 nel Borgo, che nel secolo XII si era venuto formando fuori le mura della città. Costui, giudice della Corte Imperiale e figlio di Giovanni Falcone, giudice della città di Bisceglie, era probabilmente componente della corte di Enrico IV di Svevia.La chiesa, che era destinata principalmente a luogo di sepoltura, non si trova all’interno della “città vecchia”, ma, nella zona che un tempo era occupata dallo spazioso borgo “in suburbio”. Esso venne opportunamente creato, in quanto la città di Bisceglie non poteva più contenere nelle sue mura gli abitanti dell’agro che numerosi vi affluivano dai villaggi del territorio a causa delle scorrerie dei Saraceni e delle guerre; costoro erano quindi accolti nel borgo adiacente le mura della città. Detti abitanti dettero origine, nel secolo XII, alla fondazione di varie chiese come San Fortunato, San Paolo, Santa Margherita, Santa Scolastica, San Tommaso e San Bartolomeo. Queste chiese, all’infuori di Santa Margherita, andarono distrutte fino al 1480, anno in cui, abbattuto il borgo, fu ritenuta necessaria la costruzione di nuove mura, che fossero valide e capaci di difendere la città dai Turchi, che già si erano impossessati di Otranto.