Il ritorno del gruppo di sanvitesi che il 7 ottobre 1571 aveva partecipato alla storica battaglia di Lepanto, diede una spinta propulsiva alla costruzione della nuova chiesa, all’epoca ferma poco sopra alle fondamenta. Nel 1595, terminata l’attuale parte absidale ed il transetto, il nuovo Tempio fu aperto al culto. Nel primo ventennio del 1600, la chiesa viene completata e con l’arrivo della tela raffigurante la battaglia di Lepanto, viene intitolata a Santa Maria della Vittoria. Gli anni 1777-1778 sono anni di grandi restauri. L’opera di maggior rilievo è la ricostruzione della facciata più maestosa della precedente anche se l’originaria rispondeva meglio alle strutture cinquecentesche della chiesa. Vengono ricostruiti in marmo gli altari e le balaustre delle cappelle di San Vito martire e del SS. Sacramento, oltre che l’altare maggiore. Il campanile rimane incompiuto, e lo è tuttora, forse per mancanza di fondi o, come pretesto perenne per reperire fondi. Negli anni 1980-92 vi è un restauro generale delle strutture della chiesa con il fattivo contributo dei cittadini.

  Una speciale devozione da parte di tutti i fedeli della città e della Diocesi, è rivolta all’Icona della Madre di Dio Nicopeia, generatrice di vittorie. Il 25 marzo 1995, S. Em. Il Card. Marco Ce, Patriarca di Venezia, consacra l’icona della Nicopeia. Nell’ottobre 1995 nel corso delle celebrazioni del quarto centenario dell’apertura al culto della chiesa, l’Arcivescovo di Brindisi-Ostuni, apre la nuova Porta Santa, in bronzo, opera dello scultore Ernesto Lamagna, dando inizio all’anno santo giubilare della Chiesa. Il 26 ottobre 1996, Sua Santità Giovanni Paolo II, incorona solennemente l’Icona della Madre di Dio Nicopeia, protezione di San Vito dei Normanni. Il 30 dicembre 1998, Sua Santità Giovanni Paolo II con breve apostolico proclama la Chiesa di Santa Maria della Vittoria Basilica Pontificia.