Nel corso della dominazione di Federico II troviamo quale signore di Acquaviva, a partire dal 1240, il Conte Filippo Cinardi, uno dei più apprezzati esperti di fortificaziani militari del periodo federiciano, al quale è stata attribuita l'ideazione di molte opere di difesa volute da Federico II in Puglia, tra le quali, ad esempio, il Castello di Trani.
E' pertanto stato possibile ricostruire alcuni interventi voluti dal Cinardi ad Acquaviva nel corso della sua permanenza, durata dal 1240 al 1266.
Tra questi la realizzazione dell'ala nord del castello, con un’ampia sala al piano terra con copertura a botte ogivale che richiama per molti elementi la sala al piano terra del braccio ovest del Castello di Gioia del Colle, anch'esso radicalmente trasformato ed ampliato proprio in periodo federiciano.
Delle sale al primo piano del corpo nord, completamente trasformate dagli interventi cinquecenteschi, restano a testimonianza di questa fase di costruzione due pregevoli finestre con vano ad arco acuto e cornice in bugne di pietra, una sul prospetto interno del cortile ed una sulla facciata esterna a nord.
E' possibile ipotizzare che il muro a nord presentasse una merlatura superiore successivamente ingloblata dalle sopraelevazioni, merlatura ancora visibile con un’attenta osservazione della struttura muraria.
La progressiva sostituzione del recinto con veri e propri corpi di fabbrica risponde ad una strategia generale adottata in periodo federiciano. Ad Acquaviva è anche possibile riscontrare in questa fase la volontà di regolarizzare la forma dell'impianto accentuandone il carattere geometrico, come è testimoniato dall'accostamento tra il corpo nord e la torre a nord est con cui si cerca di assorbirne l'irregolare giacitura.