In un periodo successivo al 1609, al piano terra la famiglia Bartirotti, fece realizzare ampie sale, come quelle volute nel quattrocento dall’Osservanza e sul piano elevarono il belvedere, aperto verso la città, configurato in una veranda coperta e scandito da una fuga di archi romanici. Le scritture francescane lasciano anche intendere che i frati riformati, col sussidio dei benefattori e dei medesimi principi, trasformarono radicalmente i corpi di fabbrica preesistenti. Infatti al piano superiore, dovettero ristrutturare i vecchi ambienti e crearono diverse cellette con i corridoi di m. 2,50 d’altezza e di m. 2,09 di larghezza, secondo le misure che negli stessi anni erano praticate anche in altre dimore francescane. Fu necessario anche la costruzione del quarto lato, perché il convento formasse un quadrato completo. Per questo, sempre attorno al 1609, quei religiosi, al lato che fiancheggia al chiesa, al piano terra ristrutturarono la navata di destra e nell’ordine superiore completarono il quarto corridoio con le stanze. A testimonianza di ciò, sono le dimensione delle poche cellette aperte in quel corridoio. Tale operazione comportò pure il parziale tamponamento del prospetto della chiesa.(FOTO 2) I lavori di restauro e il completamento dei dormitori di pari passo condussero alla ristrutturazione del chiostro. A Castellaneta, la Serafica Riforma creò un quadriportico lineare , strutturato su motivi architettonici funzionali ed essenziali, che si compendiano in cinque archi a tutto sesto per lato impostati su semplici colonne, nelle superfici murarie segnate solo dalle finestre delle cellette e da una modanatura che le incornicia al vertice . Ciò si verificò perché quei padri, probabilmente per ottenere nuove stanze abitabili, al piano superiore murarono la veranda coperta.