Il tetto della basilica ha una struttura a
capriate in legno di abete che poggia sulle murature portanti, e con sottotetto
integralmente ispezionabile. Nel momento in cui fu ridotto il numero delle
capriate, al fine di ridurre il forte carico trasmesso dal sistema delle
coperture, le "chianchette" della nave centrale vennero sostituite da
un manto in
laterizio, costituito dall'accostamento di coppi ed embrici (tipo
definito "alla romana"),poggianti su di un tavolato continuo. Per la
copertura del transetto si provvide, invece, a realizzare una protezione delle
canalizzazioni di scolo delle acque piovane, proteggendo così il sottotetto (e
di conseguenza le tele e le decorazioni lignee) dalle infiltrazioni d'acqua.
La configurazione definitiva del sistema delle coperture si può collocare in
questo momento storico. Difatti, anche se gravi danni delle coperture della
basilica ed al soffitto vennero causati dall'esplosione, nel
1945, di una nave ancorata nel porto, l'intervento di riparazione che ne seguì
non comportò modifiche di rilievo alla conformazione del sistema.
L'incavallatura delle capriate, di tipo composto, presenta una doppia catena;
dal monaco una lunga staffa collega la catena inferiore a quella superiore.
Dalla muratura parte un puntone doppio la cui metà intradossale si connette
saldamente alla catena superiore. Il sistema della catena risulta così composto
da tre elementi: uno centrale (la vera catena) più lungo e due laterali (i
puntoni) più corti, collegati tra loro per mezzo di ganasce in legno di
castagno e tirafondi di ferro bullonati. Il puntone esterno, invece, si connette
al monaco con incastro a doppio dente. Al di sopra delle catene inferiori
corrono due travi in legno di abete, poste in senso ortogonale a queste,
incassate sui muri trasversali del transetto.
Il soffitto si compone di:
a) un solaio del sottotetto, al di sopra della prima catena. Questo è
costituito da un robusto tavolato di abete che svolge le funzioni di un agevole
piano di servizio completamente privo di dislivelli;
b) un ordito di travi portanti (catene delle capriate), sempre della stessa
essenza legnosa, poggianti su mensole marmoree.
Sul tavolato inferiore sono fissate le
grandi tele dipinte,
montate sui telai, sempre di abete.
L'attuale soffitto piano, ricapitolando, non esisteva nell'origine della
costruzione, e, perciò, allora erano visibili le armature della grande tettoia
a due falde, a somiglianza delle antiche basiliche cristiane; le navate laterali
sono coperte a volte a crociera e, sopra, da una mezza capriata.