La chiesa di S. Maria di Cesano sorge al centro di un recinto quadrangolare. Questa cinta muraria è costituita da pietre e ciottoli di dimensioni variabili, due dei quattro lati si sono ridotti a muretti di divisione, alti non più di un metro, gli altri due lati, invece, hanno un'altezza variabile intorno ai 4-5 metri; su queste pareti si trovano elementi di grande interesse consistenti in porte e finestre, purtroppo tamponate. L'unica apertura accessibile é quella che porta all'interno del perimetro ed è stata ricavata tamponando parzialmente un'apertura più grande. In corrispondenza di quest'ingresso il muro di cinta aumenta notevolmente di spessore mantenendosi costante intorno ai 60 cm. circa. Tutto ciò che resta dell'antico monastero è una stanza quadrangolare di 5 metri x 5 circa, che occupa il lato nord ovest del complesso e che si suppone essere stato il refettorio. Nel refettorio c'è uno spazio sopraelevato, di circa 1 metro e mezzo da terra costruito in aggetto su mensole di roccia. La dimensione particolarmente modesta di questo locale e l'esistenza di una piccola bucatura quadrangolare nel pavimento lascia presumere che si tratterebbe della latrina. Quello che Cesano offre nella sua integrità è la chiesa riportata agli antichi splendori dopo un parziale recente restauro dopo anni di totale incuria. Il prospetto frontale della chiesa si presenta diviso in due parti dall'intonaco. La parte inferiore è quella originaria realizzata in blocchi di pietra locale posti in opera dopo un'accurata squadratura e disposti a filari. Pure originale è il portale a doppia ghiera. La parte superiore è intonacata ma si intravede la trama di pietre eterogenee collegate da legante. Nei secoli XV-XVI su questa parete fu sovrapposta la torre quadrangolare, forse per ragioni di carattere difensivo. Tale trasformazione è comune alle coeve chiese rurali di Torre S. Croce e S. Eustachio nel territorio di Giovinazzo, e anche alla chiesa di Sovereto. La chiesa è provvista di un'abside perfettamente circolare, essa presenta nella parte superiore un motivo ornamentale a denti di sega e al suo interno si apre una monofora un tempo schermata da una grata in pietra fatta di circonferenze. Tutte le aperture sono state tamponate e non si sa quando. La chiesa all'interno e divisibile in due parti, l'aula e l'ingresso su cui si eleva la torre. Nell'undicesimo secolo Maria di Cesano presentava un'unica cella, l'attuale portale di ingresso e due torri laterali. La copertura era a capanna in legno. I successivi interventi si fanno risalire al XVI secolo, viene ispessito infatti il muro per potervi addossare la torre. Dopo il 1700 avviene il tamponamento dell'abside, per potervi inserire un altare barocco e viene posto il campanile sulla torre. Nel XIX secolo viene costruita una volta a botte che occulta così la copertura in legno. Con l'ultimo restauro è stato abbattuto il muro che tamponava l'abside riportando alla luce l'affresco absidale rappresentante il Cristo con San Giovanni Battista e la Madre di Cristo . Si suppone, dato il resto degli affreschi, che la Chiesa un tempo fosse tutta affrescata. Gli affreschi, inoltre, sono molto accurati, infatti nell'intonaco di questi é presente polvere di marmo, come Vitruvio riportava nei libri del "De Architettura".