Pensando al lungo periodo di tempo che fu necessario alla stesura del P.R.G., non è difficile accettare che, tra varie ipotesi avanzate e mai realmente prese in considerazione, tra i vari problemi, ritenuti più urgenti ed analizzati dal piano regolatore, tra le vicende politico-economiche che si susseguirono negli anni, la problematica della sede ferroviaria rimase in sospeso fino agli anni '80. Con accordo sottoscritto il 27 Dicembre del 1985, infatti, la Regione Puglia, il Comune di Bari e le Ferrovie dello Stato, si impegnarono a produrre finalmente una soluzione tecnico-progettuale in merito alla realizzazione di un sistema integrato di trasporti nell'area di Bari, che desse concreta risposta all'assetto urbano dell'area metropolitana barese. Tale progetto fu ridefinito nei suoi contenuti tecnici nel 1987 dagli stessi organi competenti: la trasformazione della stazione di Bari C.le in stazione di testa implicava nuovi tracciati per le linee ferroviarie e nuovi itinerari per le merci. Il progetto di variante al P.R.G. prevedeva l'ingresso in Bari da nord e l'attestamento in P.za Moro all'altezza di via De Cesare di tutte le linee F.S. e di tutte le linee locali, occupando una fascia di 14 binari. Questa era la soluzione che rispondeva in maniera più ampia alle pressioni di liberare dai binari le zone a sud della città, dove maggiore era stato l'acquisto dei suoli in prospettiva di una loro forte valorizzazione. Tale proposta venne rimessa in discussione, nonostante fosse stata accettata all'unanimità sia dall'amministrazione ferroviaria sia dall'amministrazione comunale, proprio nel momento di entrare nella fase operativa. Indubbiamente, nella messa in discussione della stazione di testa, ebbe non poca importanza la nomina nel 1988 del nuovo ministro dei trasporti, l'onorevole Signorile, per giunta deputato nel Salento, dove più forte era l'ostilità verso quella soluzione, per il perditempo che avrebbero subito nella stazione, i treni per Brindisi e Lecce e le località a nord di Bari.