La chiesa rispetta l'orientamento simbolico est-ovest; l'ingresso, collocato ad ovest, è un preciso riferimento al peccato dell'umanità, che entrando nella chiesa e procedendo verso l'altare rivolto ad est inizia un processo salvifico. All'edificio, il cui piano di calpestio è al di sotto del piano stradale, si accede per cinque scalini. Il numero degli scalini, probabilmente, non è casuale. Ricordiamo infatti che il numero cinque deriva dalla somma del numero tre (la Trinità) e del numero due (simboleggiante il dualismo: la natura umana e quella divina di Cristo, il bene e il male). Il cinque è il numero del microcosmo umano, il numero dell'uomo, dei cinque sensi e delle cinque ferite di Cristo. La facciata è tripartita da lesene scanalate, poggianti su alti stilobati. Ogni lato, corrispondente alle navate laterali, è caratterizzato da un oculo mistilineo; il lato destro è di dimensioni maggiori, quello sinistro è stato inglobato nella struttura dell'ospedale: l'antico convento. L'ingresso, caratterizzato dal sistema trilitico, ha stipiti ed architrave lisci. Il frontone presenta una semplice sagomatura ed è caratterizzato da due cerchi concentrici. Sull'architrave è riportata la data 1921, data nella quale è stata effettuata la ristrutturazione della facciata. La parte superiore è caratterizzata da due aperture ellittiche e dal simbolo francescano coronato da elementi e decorazioni vegetaliformi. Il coronamento superiore termina con un frontone e timpano, che presentano gli stessi elementi decorativi del timpano e del frontone più piccoli. L'edificio presenta nella parte superiore una croce centrale e delle guglie laterali. Il lato destro del convento, attiguo alla facciata principale, conserva ancora oggi una caditoia, elemento di difesa, che attesta l'origine extraurbana dell'edificio. Il lato sud della chiesa è caratterizzato da paramento murario continuo, intervallato da piatte lesene. I due portali, presenti su questo lato, sono entrambi caratterizzati dai rispettivi architravi, lesene laterali scanalate e frontone e timpano lisci. Antistante al primo portale destro è una botola, che racchiude la tomba ipogea con l'iscrizione: ALLEGRINO BALSANO 1650.