La chiesa conteneva due icone, attribuite ad un'artista meridionale bizantineggiante, l' una di Santa Margherita e l'altra di S.Nicola, con la storia della loro vita (dimens. 1,28*0,83 m circa). Oggi queste due tavole sono esposte presso la Pinacoteca provinciale di Bari. Nella prima icona è raffigurata al centro l'intera figura frontale della Santa Margherita, su fondo dorato, adornata come una principessa orientale, affiancata dalle storielle della sua vita e della sua passione (oggi sono 12, ma un tempo erano certamente 16, contornando sui quattro lati la Santa).
Nell'altra icona si nota la figura di San Nicola, in posizione benedicente, su fondo dorato, intorno al quale si dispongono analogamente delle storie. In queste icone traspaiono derivazioni gotiche, specie nelle storie della Santa, e influssi della pittura pisana del tempo, misti ad accenti popolari. Appartiene pure alla chiesa una tavola del '200 , d'ispirazione bizantina, raffigurante la Madonna col Bambino in posizione benedicente; la tavola misura metri ( 1,23 * 0,82). La Vergine, nimbata d'oro, con manto rossastro, ha un volto espressivo: il Bambino, in esotico abbigliamento, è figura sciatta; in basso, in un angolo, si nota anche una figura di orante.