La storia dell'edificio, con annessa chiesa, che ancora oggi è conosciuto come Conservatorio di Santa Croce, è intimamente connessa a quella dell'omonima confraternita, che fortemente ne volle la costruzione e che per circa tre secoli ne ha gestito le sorti. Ecco perché in queste brevi note la descrizione dell'evoluzione architettonica dell'edificio procederà parallelamente alla storia della confraternita e di conseguenza alla storia generale della città di Altamura, di cui la confraternita è stata un'istituzione importante.

Per un inquadramento generale sulla storia di Santa Croce è illuminante il documento redatto dagli amministratori nel 1866 (come spiegheremo più tardi la gestione era già passata dalla confraternita al comune nel 1841); in un Cenno Storico annesso allo Statuto approvato nello stesso anno da Eugenio di Savoia Luogotenente di S.M. V. Emanuele II.

Il documento non si sofferma sui primi due secoli di vita di Santa Croce, dando invece molta importanza agli avvenimenti più recenti; nonostante ciò tenteremo una sommaria ricostruzione di tutta la sua evoluzione dai pochi documenti che sono rimasti a disposizione.

Per comprendere meglio le cause e le origini di quest'istituzione è opportuno avere innanzitutto un quadro generale sulla storia d'Altamura partendo dal Basso Medioevo.