Infatti, l'interno ha una sola navata, come già stato più volte sottolineato, con cupola a vela, su pennacchi e tamburo quadrato, nella zona centrale; essa raggiunge, nel punto più alto dell'intradosso, un'altezza di 9,70 metri. Detta cupola è preceduta e seguita da due volte a botte di eguale grandezza, che hanno un'altezza massima d'intradosso di 7,60 metri. Su entrambe le pareti della chiesa, si trovano, rispettivamente, tre archi ciechi a tutto sesto (i nicchioni), disposti in modo simmetrico; questi non sono praticabili bensì servono solo per lo scarico dei pesi delle pareti e quindi per dare ornamento e ariosità ai due tratti coperti a botte.Di dimensione più grandi sono quelli che si trovano in corrispondenza delle volte a botte, che scaricano sulle pareti di appoggio carichi superiori rispetto alla volta a vela situata nella zona centrale. Detti archi hanno una corda di 2,40 metri e un' altezza massima di 4,15 metri. I centrali, dalle dimensioni inferiori, hanno una corda di 1,40 metri e un'altezza massima di 3,60 metri. La soluzione è di notevole importanza per l'aderenza della distribuzione delle masse resistenti al gioco delle spinte, e prova la conoscenza che i costruttori pugliesi avevano del funzionamento statico delle strutture a vela. Infatti, la cupola centrale è contraffortata alla giusta altezza dalle lunghe botti longitudinali e da quelle trasversali, brevi, ma di sufficiente sviluppo ai fini della stabilità. Queste ultime trovano esuberante contrafforte nei quattro blocchi di muratura che sostengono le botti longitudinali; lo spessore dei blocchi di muratura li rende atti a contrastare alle botti longitudinali e nel lo stesso tempo consente l'apertura dei nicchioni.

A caratterizzare la duplice simmetria della partitura interna concorrono anche il disegno del pavimento, gli ingressi posizionati sull'asse trasversale (dei quali quello sud è completamente murato) e le rispettive monofore poste in prossimità delle ghiere degli archi, alle quali corrispondono, esternamente, un oculo sulla parete nord e un rombo sulla parete sud. Cornici marca-piano segnano l'imposta dei fornici e nelle pareti del presbiterio fungono da premessa all'arco del catino absidale che completa la navata.

A lato della porticina nord della chiesa era infissa nel muro un' urna cineraria romana in alabastro, con ottimo bassorilievo e con un'epigrafe in latino, che doveva servire da acquasantiera. Attualmente l' urna si trova nel museo storico di Taranto.

Si ammira ancor oggi, sulla parete destra, un baldacchino romanico con due belle colonnine, dal capitello decorato dalle foglie ricurve, poggiate su due leoncini, che sovrasta un piccolo altare, di cui oggi ne rimangono soltanto pochi resti. Il baldacchino ha un'altezza totale di circa 3,00 metri, con larghezza di metri 2,20 e profondità di circa metri 0,85. Sopra i resti del piccolo altare vi è una nicchia di piccole dimensioni e di forma rettangolare in cui, probabilmente, era situata l'icona di Santa Margherita.

Sempre sul lato destro, a pochi passi dall'ingresso principale della chiesa, si può ammirare un fonte battesimale monolitico di forma circolare con divisorio, dal diametro di circa metri 1,30. Il fonte fu portato dalla cattedrale di Bisceglie nel 1693, in cui era stato trasportato quello della chiesa stessa.

Sul lato sinistro, di fronte al fonte battesimale, all'interno del nicchione, si trova, ad un'altezza da terra di 1,75 metri, una grossa mensola in pietra ricca di raffinati particolari decorativi, che riprendono i motivi del baldacchino. La mensola misura circa metri 2,15 di lunghezza e circa metri 0,75 di profondità si presuppone che detta mensola servisse per l'appoggio di arredi sacri. Al di sopra della mensola si ammira un grande Crocifisso, risalente probabilmente al secolo XIV. Nella zona absidale, rialzata su due gradini, si trova l'altare in semplice marmo bianco.

Nel nicchione sinistro del presbiterio (verso nord), si trova la piccola porticina d'ingresso secondario, che consente di giungere al piccolo cortile esterno dove sono ubicate le tombe della famiglia Falcone. Adiacente all'abside si scorge la porticina che conduce alla sagrestia, anch'essa di dimensioni ridotte, la cui realizzazione deve essere diagnosticata come intervento costruttivo successivo; infatti, l'ingresso della sagrestia incide in maniera poco ortodossa sul cilindro absidale.

La concezione progettuale di questa chiesa, finalizzata per un utilizzo prettamente cimiteriale per la famiglia Falcone, destinò la porzione presbiterale per questo scopo, e pertanto essa si rileva alquanto ampia; infatti, la zona presbiterale si prolunga oltre la proiezione del secondo fornice, e contiene la botola tombale su cui è inciso lo stemma della famiglia. In ultimo vi sono due lapidi con iscrizioni: una ricorda la costruzione della Chiesa di San Fortunato (1136), l'altra è una iscrizione tombale dell'abate Jacobus, infissa nel muro, a sinistra della porta di entrata. Qua e là, sparsi per la chiesa, si vedono altri stemmi della famiglia Falcone, in cui campeggiano figure di falconi e fiori. Oltre a quello scolpito nella pietra di copertura della botola tombale interna, si nota un altro stemma infisso al muro della facciata principale, a destra del portale d'ingresso. Bisogna sottolineare come perfetto risulta il connubio tra le dimensioni planimetriche e quelle altimetriche. Nessun particolare è lasciato all'improvvisazione, anzi ogni componente architettonico rispetta la corrispondenza biunivoca (tra interno ed esterno) e la simmetricità che caratterizzano 1a chiesa.

Anche la cupola si rifà a questi principi, tanto che la sua centralità è evidenziata da un virtuale asse verticale che congiunge il disegno (racchiuso tra due anelli concentrici) posto al centro del pavimento ed il "nucleo" della volta a vela. L'analisi della volta a vela ha consentito la constatazione di un particolarissimo assetto, in quanto la sua definizione spaziale sembra esser stata sancita esclusivamente in ragione dell'involucro interno, e pertanto ha un sesto alquanto ribassato. La simmetria è riscontrabile anche nelle componenti esterne, dove il tiburio quadrangolare e la sovrastante piramide, rivestita di chiancarelle, funge da baricentro dell'intero sistema architettonico e da elemento di unione degli addendi disposti in maniera longitudinale e trasversale.