La piccola chiesa di Santa Margherita fu costruita nel secolo XII dalla nobile famiglia Falcone in Bisceglie. Questa cittadina sorse, tra il '900 e il 1000, per opera del conte Pietro sul povero borgo contadino e marinaro di "Vescègghie" nome derivante dalle querce che vegetavano tutt'intorno (da viscile o viscilia, voce basso-latina indicante un tipo di quercia, connessa con viscum, il vischio, pianta parassita di cui tale quercia è ricca).

Nella Puglia medioevale la simultaneità di costruzioni di edifici religiosi è dovuta alla volontà di particolari committenti come il vescovo Leone per la cattedrale di Siponto, i vescovi Nicolò e Bisanzio per quella di Bari, il vescovo Alfano per quella di Vieste, sia alla decisione del clero locale, come avvenne per la cattedrale di Canosa. Motivi di altro genere agirono ad innesco e come elementi propulsori del fenomeno. La chiesa, per evitare la dilagante profanazione delle tombe ubicate fuori la cinta muraria, dopo la costruzione delle mura perimetrali, necessarie per difendere l'incolumità degli abitanti dalle minaccie esterne, permise in un primo tempo la sepoltura nelle immediate vicinanze degli edifici di culto e solo successivamente nel loro interno. Si verificò così l'evento di offerte di beni da parte dei cittadini di ogni ceto sociale affinchè venissero edificate queste "fabbriche" (chiese) che sarebbero poi diventate luogo di sepoltura. Con quest'ottica va vista la chiesetta di Santa Margherita sita in Bisceglie; infatti nelle genesi di questo edificio devono essere valutati opportunamente la personalità del committente e quindi la sua potenzialità economica, nonchè l'esperienza e la capacità tecnica del progettista.

La famiglia Falcone (o Falconi), celebre per molti illustri personaggi che si distinsero durante la dominazione Sveva e Angioina in Puglia, è la più antica e nobile famiglia biscegliese, proprietaria di molti beni in Puglia fin dal IX secolo. Imparentati con i bizantini, i Falcone avevano assimilato gusto e costumi greci che, non disgiunti da abilità politica, ne fecero dalla fine del XII al XVII secolo la famiglia più rappresentativa e più forte in paese, che certamente, in un'altra epoca e un altro clima, avrebbero costituito un Signoria. Si suppone che la storia dei Falcone si identificò per quattrocento anni nella storia stessa di Bisceglie. Del paese portarono antonomasticamente il nome (erano appunto detti i “De Vigiliis”), secondo un uso antico di denominare la famiglia più ragguardevole di un paese col nome del paese stesso. Della loro presenza in città rimane, splendido esempio di gusto e munificenza, la chiesetta di Santa Margherita, uno dei più puri ed armonici monumenti romanici pugliesi; ammirevole specialmente per la sua perfetta tessitura muraria e per i tre sepolcri addossati al suo fianco sinistro. Infatti, come si legge in un documento del tempo, la chiesa di Santa Margherita venne fondata, consacrata (con il consenso del vescovo Bisanzio) e dotata da Falco il 12 gennaio del 1197 nel Borgo, che nel secolo XII si era venuto formando fuori le mura della città. Costui, giudice della Corte Imperiale e figlio di Giovanni Falcone, giudice della città, di Bisceglie, era probabilmente componente della corte di Enrico IV di Svevia.

La chiesa, che era destinata principalmente a luogo di sepoltura, non si trova all’interno della “città vecchia”, ma, nella zona che un tempo era occupata dallo spazioso borgo “in suburbio”. Esso venne opportunamente creato, in quanto la città di Bisceglie non poteva più contenere nelle sue mura gli abitanti dell’agro che numerosi vi affluivano dai villaggi del territorio a causa delle scorrerie dei Saraceni e delle guerre; costoro erano quindi accolti nel borgo adiacente le mura della città. Detti abitanti dettero origine, nel secolo XII, alla fondazione di varie chiese come San Fortunato, San Paolo, Santa Margherita, Santa Scolastica, San Tommaso e San Bartolomeo. Queste chiese, all’infuori di santa Margherita, andarono distrutte fino al 1480, anno in cui, abbattuto il borgo, fu ritenuta necessaria la costruzione di nuove mura, che fossero valide e capaci di difendere la città dai Turchi, che già si erano impossessati di Otranto.

La Chiesa di Santa Margherita, assieme alle pregevoli tombe annesse, è senza dubbio uno dei più mirabili e dei più bei monumenti antichi di Bisceglie. Un vero gioiello dell’arte medioevale pugliese che, assieme alle numerose costruzioni dell’epoca, sparse nella nostra regione, stanno a dimostrare ancora, dopo tanti secoli, la semplicità, l’austerità e la bellezza infusa nella pietra dallo scalpello dei nostri antichi maestri. Si può quindi affermare, con molta probabilità, che nella nostra Puglia Antica, le “scuole architettoniche” perseguivano un intento evolutivo mirato ad un particolare tipo di modello architettonico.

Infatti, numerose sono le chiese battezzate in Puglia nel XII secolo che rientrano nel “modello”, molto diffuso in quel periodo, di “chiese a cupola in asse”, caratterizzate dall’impiego di una o tre cupole. In effetti, esaminando i modelli di chiesa a cupola che ancora sopravvivono nel nostro territorio e quelli di cui si ha notizia (ma risultano demoliti o trasformati), si è potuto stabilire che la maggior parte di essi ammettono delle articolazioni planimetriche e spaziali, nonchè dei parametri costruttivi, che fanno capo perlomeno a tre “linguaggi architettonici” principali, ossia tre “scuole di redattori”. La chiesa di Santa Margherita rientra in effetti in uno di questi “linguaggi architettonici”. Per la precisione si inserisce in quel linguaggio che ha maggiormente prodotto modelli di modeste dimensioni, caratterizzati da un assetto spaziale ottenuto tramite l’assemblaggio del “modello volumetrico” coperto a cupola, di chiara derivazione romana. Quest’ultimo ha la particolarità di fruire di una maggiore lunghezza dei fornici disposti sull’asse longitudinale.

Inoltre, queste costruzioni religiose sono realizzate con una certa corrispondenza biunivoca: ad ogni addendo della conformazione interna corrisponde una precisa sagoma esterna. Le strutture di copertura, spesso con volte a botte, disposte sull’asse longitudinale hanno come riscontro tetti a due falde, quelle dell’asse trasversale hanno tetti ad una falda e, talvolta, anche tetti a due falde. Esternamente la cupola si evince tramite un tiburio di forma piramidale, mentre l’abside ha il semicilindrico aggettante dalla parete absidale. L’articolazione spaziale interna, delle fabbriche rientranti in questa categoria, ha indotto molti studiosi a classificarle con la nomenclatura di “chiese con schema a croce contratta”, il cui braccio longitudinale è coperto da volte a botte che scaricano sulle pareti d’ambito. Il braccio traverso, evidenziato esternamente da un tetto a una o due piccole falde, è ridotto internamente alla semplice profondità di due arconi di sostegno della cupola. La chiesa di Santa Margherita deve essere considerata come l'espressione più importante dell’applicazione ed evoluzione di questo linguaggio architettonico. La chiesa presenta una sola navata, ha pianta rettangolare, e ciascuna delle sue quattro facciate termina con un frontone triangolare che è traforato da una stretta finestra; inoltre si notano due lati liberi e due lati addossati a vecchie costruzioni, con l’ingresso su di una corte che fronteggia la via S.Margherita.