Edificata sulla primitiva Chiesetta del Purgatorio, tra il sec. XII e XIII, la Chiesa Matrice, dedicata al culto di San Nicolò di Pàtara, rappresenta un mirabile esempio di stile Romanico-Pugliese. Nel corso del tempo, a causa di vicissitudini di varia natura, è stata sottoposta a notevoli trasformazioni. Nel 1848 fu demolita l'antica porta del paese ("porta Grande") che collegava l'edificio sacro con la Torre Civica; il mutato assetto strutturale, ha portato a degli scompensi culminati con il crollo della facciata. Nella ricostruzione si pensò di dare nuovo lustro all'edificio servendosi di canoni neoclassici. Un crollo successivo, interessò la scalinata d'accesso ricostruita sostituendo l'impianto ad un'unica rampa centrale con quello attuale che presenta due rampe laterali.
All'interno, le tre navate di diversa altezza
ed il coro accentuano la fuga prospettica, attenuata, solo in parte dal transetto
e dai "cappelloni" laterali. Un'attenta analisi ci permette di distinguere
almeno tre successive fasi d'intervento: la volta a crociera che sovrasta
l'altare presenta elementi gotici databili intorno al sec. XIV; la navata
centrale, divisa dalle laterali da tre archi per lato poggianti su colonne,
due addossate a pilastri e due libere, sembra opera della fine del secolo
successivo e risente, per le eleganti modanature delle cornici e per i rilievi
dei capitelli, del gusto del primo rinascimento. Databili alla seconda metˆ
del sec. XVII sono, invece gli ultimi ritocchi nel coro, con la costruzione
di una sovrastruttura lignea per la comoditˆ del clero, (quest'ultima opera,
come documentato da due lapidi laterali, fu decisa dal Capitolo di Cisternino
nel 1678, e resa possibile grazie a lasciti e contributi di varia natura).
La Chiesa Matrice, nata sobria e maestosa, col tempo
aveva perduto queste sue caratteristiche per cedere il posto a stucchi, nicchie,
quadri votivi e colorazioni prive di qualsiasi valore storico, tanto che dal
1948 ad oggi i restauri hanno teso a restituire alla chiesa lo stile originario.
Nel 1952, sotto la direzione dell'ing. Francesco Schettini, incaricato della sovrintendenza alle Belle Arti di Bari, fu terminato il primo restauro delle navate reso possibile attraverso un mutuo ottenuto due anni prima dall'arciprete Don Vincenzo Gentile (dal Ministero della Pubblica Istruzione per danni di guerra). In questo primo restauro furono demoliti molti altari laterali, riaperto l'arco terminale della navata sinistra, occupato dall'altare dell'Immacolata, furono ripuliti i muri e le colonne; inoltre, il pavimento, abbassato di qualche centimetro, ha dato una nuova spazialitˆ alla chiesa, rendendo più visibile il transetto, nel cui centro, al di sotto della volta retta da quattro archi ogivali, spicca, distinto nelle forme, il nuovo altare basilicale. L'attenuata luce che penetra dalle riaperte monofore laterali completò il grande restauro. Di particolare interesse restano le due cappelle cinquecentesche del S. Rosario e del SS. Sacramento insieme con la Chiesetta del Purgatorio, sottostante la Chiesa Madre
La Cappella fu costruita nel 1500, epoca in cui fu fondata l'omonima Confraternita, essa fu la prima sede del Sodalizio approvato nel 1769 da Ferdinando IV. Dal 1827, la Confraternita del S. Rosario, che, fino a questa data, aveva fatto capo alla Cappella in Chiesa Matrice, si trasferì nell'attuale sede: Chiesa di S. Cataldo. Il restauro della cappella è iniziato nel 1969 vide la ripulitura di tutte le magnifiche cornici e la stonacatura di tutto l'ambiente riportato al bianco originario della pietra di Caranna. In seguito si procedette a mettere in luce le tre finestre precedentemente murate, ma che non è più possibile aprire dall'esterno. Nella Cappella trovano sistemazione il quadro secentesco della Madonna del Rosario, il cinquecentesco fonte battesimale, precedentemente collocato all'ingresso della Chiesa, e il busto del Cristo incarcerato attribuito, a Stefano da Putignano.
Anche questa Cappella, costruita verso il 1550, ospitò la sede di una confraternita: Confraternita del S.S. Sacramento, presente a Cisternino fin dal 1500, che prima d'allora si riuniva in un locale sottostante la Chiesa Madre denominato oratorio di Cristo sospirante. Successivamente la Confraternita si è trasferita, definitivamente, nella Chiesa del S.S. Sacramento aperta al culto nel 1870. Il restauro di questa Cappella ebbe inizio nel marzo del 1970 riportando alla luce magnifiche cornici anteriormente coperte da sgradevoli intonaci colorati. Nella cupola si è proceduto alla riapertura del lucernario e alla messa in luce quattro nicchie, precedentemente murate e, all'altezza dell'altare, di cinque altre nicchiette con una delicata decorazione a conchiglia. Eliminando l'intonaco si sono scoperte tre iscrizioni datate: 1675, 1696, 1736; la prima porta memoria dei richiedenti la costruzione della Cappella; la seconda concerne lavori di decorazione di fregi; la terza ricorda la consacrazione dell'altare.
La Chiesetta del Purgatorio sottostante la Matrice é stata fino al 1956 completamente separata da questa; è ridiventata cripta con la costruzione di una scala all'interno della sacrestia. La nascita della Chiesetta si ricollega alla presenza, nel casale di Cisternino, dei monaci Basiliani il cui arrivo è storicamente accertato prima del Mille, dopo aver sostato in contrada Talona (ed aver edificato il Santuario della Madonna d'Ibernia). Artisticamente la Chiesetta si presenta sobria nelle sue forme; l'insieme architettonico è dominato da un pannello sostenuto da quattro colonne lavorate in pietra di Caranna; al centro delle colonne fino al restauro del 1977 c'era un pannello che copriva l'originaria nicchia a conchiglia che ora, riportata al primitivo splendore, accoglie un crocifisso in legno. Il pannello rimosso fa ora da sfondo all'altare, rivolto verso il pubblico come vogliono le nuove regole liturgiche. Un certo valore possiedono i cinque ovoidali ottocenteschi nella volta, riaffrescati e restaurati, così come la tela delle Anime Purganti del pittore G. De Giuseppe (1874) ora sistemata nella sacrestia, le quattordici immagini acquaforti della via Crucis, di Scuola Veneziana (1778-1779) e degno rilievo merita anche l'antica statua dell'Addolorata. La Chiesa del Purgatorio, fin dal 1644 fu sede sia del c.d. Monte del Purgatorio o delle Messe a fini prettamente di suffragio, sia della Confraternita del Purgatorio detta anche dell'Addolorata e del Crocifisso.