Uno dei tesori custodito all'interno dell'edificio è il bassorilievo in pietra viva che raffigura S. Maria di Costantinopoli meglio conosciuta come "La Madonna del Cardellino". Il gruppo statuario, sistemato nella navata destra, tra la Cappella del Rosario e quella del Sacramento, porta la firma dello scultore pugliese Stefano da Putignano che, nel 1517, la eseguì su commissione dell'Arciprete Don Paolo Longo e della sua famiglia.
Poco, o quasi niente, si sa delle vicende biografiche e della formazione dell'arista; l'unica notizia è racchiusa in un manoscritto conservato nella Biblioteca di Putignano a firma di un certo Casulli, il quale fa riferimento ad una testimonianza del tagliapietre Marino delle Noci, contemporaneo e collaboratore di Stefano, secondo cui "detto Pugliese" morì di anni 70. Stefano, discendente della famiglia Pugliese (Apulie), sarebbe nato intorno al 1470 a Putignano e morto verso il 1540. Ignorato dalla critica e dalla storia dell'arte, intorno agli anni '60, con le ricerche di L. Russo, A. Franco e R. Semeraro, il suo nome viene ad inserirsi dignitosamente nell'ambito della produzione scultorea del primo rinascimento meridionale. L'edicola cistranese, opera, poco conosciuta dell'artista, dà la misura del suo valido linguaggio figurativo formatosi nell'ambiente in cui operavano Francesco Laurana e Domenico Gagini; caratteristica principale della sua produzione, presente in diverse Chiese di Puglia e Basilicata, è l'impronta decisa e gentile che acquistano i volumi all'interno di un naturalismo personale, elegante e raffinato. L'artista proprio a Cisternino, con il tabernacolo, con piena padronanza dei suoi mazzi, tocca livelli altissimi liberando forme di indipendente e originale flusso espressivo, frutto di un'ormai raggiunta maturità stilistica. La Vergine in trono col Bambino, si presenta ammantata di vesti dalle pieghe profonde e morbide quasi cesellate nella pietra, resa duttile e preziosa da una tecnica avanzata e raffinata; ai lati del trono sono rappresentati i due committenti, oggi con il viso rivolto verso il visitatore, mentre in origine, rivolto, umilmente, al profilo della Vergine. Il gruppo dei personaggi è sistemato ed eseguito con un'ideale classico nuovo, con forme piene e tondeggianti, plastiche, e non più lineari. Proprio in questo sono da ricercare i pregi di Stefano da Putignano: aver portato in Puglia, dove ancora sul finire del '400 imperava un tardo e aulico goticismo di derivazione catalana e borgognana, una ventata nuova carica di nuovi impulsi rinascimentali dettati dalle neoscuole del tempo. L'opera reca la particolare firma dell'autore ai piedi del trono, dove è incisa la frase: "Colui che mi ha tratto dalla pietra nel 1517 è Stefano di Putignano di Puglia". Allo stesso artista è attribuito il Cristo litico conservato nella stessa Chiesa nella cappella del S. Rosario.