All'interno l'ambiente camminabile è suddiviso in nove campate, tre per navata, da pilastri cruciformi su cui gli archi longitudinali e trasversali scaricano il peso delle tre cupole semisferiche raccordate alla pianta quadrata mediante pennacchi e sprovviste di tamburo. Fungono invece da contrafforti le volte rampanti a semibotte checoprono le due navate laterali divise in campate da archi-diaframma a tutto sesto forati da oculi che si ripropongono corrispondenti sulle due facciate. Lo stesso motivo della navata centrale ritorna sui muri perimetrali interni grazie ad arcate cieche con archivolti lunati. L'ambiente interno si conclude con le tre absidi semicircolari e con un presbiterio rialzato di due gradini rispetto al normale piano di calpestio; l'altare che è ora presente non è quello originale che è andato distrutto.