Con la venuta in Italia di Ferdinando il Cattolico - dopo aver rimosso da Vicerè Consalvo da Cordova – le condizioni della nostra Cerignola furono aggravate da nuovi balzelli, insopportabili tasse, taglie gravose e forti donativi, subendo la medesima sorte delle altre città del Regno Napoli.
Inoltre, nel 1595 le campagne cerignolane furono flagellate dai bruchi.
Il 13 luglio 1627 un fortissimo terremoto produsse sensibili danni all’abitato.
Fino alla seconda metà del Seicento per Cerignola vi fu regresso. Le condizioni si mantennero sempre identiche, almeno per qualche decina di anni del secolo XVIII; in questo lungo periodo molto aiuto venne dato alla popolazione dai frati dei diversi conventi locali, appartenenti a vari Ordini religiosi, che ricevevano molti lasciti.
Un nuovo disastro colpì la piccola Cerignola nel 1731: il terremoto del 20 marzo che provocò danni ingenti.
Nè le condizioni economiche mutarono molto durante tutto il Settecento, che si concluse con la rivoluzione del 1799, nota come “Repubblica Partenopea”, alla quale presero parte attiva i più importanti cittadini cerignolani, come Giuseppe Tortora.
Nel 1804 il duca d’Egmont fece demolire le mura esistenti presso la torre con l’orologio pubblico, l’orologio stesso e l’antica Porta “della Terra”, nonché edificare una nuova torre, per le proteste dei cittadini anch’essa con orologio pubblico, al posto di quella vecchia.