Nel 1851 fu nominato professore di armonia e di canto per donne; nel 1859 di canto per uomini. Tenne questa nomina per anni, ininterrottamente, sotto la direzione del nobile Galeazzo Manna, del conte Carlo Taverna, dell’illustre maestro Lauro Rossi di Macerata.
Dopo l’opera già citata, l’autore si presentò, per la prima volta, al vaglio del pubblico milanese con l’opera: “I Luna e i Perollo” su libretto di Giacomo Sacchero, per Gaspare Truffi.
La terza opera di Bona è il “Don Carlo”, data alla “Scala” il 23 marzo 1847. Due anni dopo, rappresentò a Torino “Il Gladiatore”.
Quinta opera, composta dopo un intervallo di 14 anni, fu “Vittoria, la madre degli eserciti”.
Ma l'opera che più di ogni altra ne rappresenta il genio nonché l'intuito didattico è il Metodo Completo per la Divisione espressamente composto per uso degli allievi del Regio Conservatorio di Musica in Milano (secondo l'intestazione originale dell'Ottocento), tutt'oggi in uso per la preparazione alla lettura della musica.

Considerevole, poi, è stata la produzione di Pasquale Bona nel campo della didattica e della pedagogia musicali, il cui predominio nello studio, dentro e fuori d’Italia, è rimasto basilarmente incontrastato.

Muore a Milano il 2 dicembre 1878.