Un’altra vetusta testimonianza sull’antichità della chiesetta afferma che il re normanno Ruggero II (1095-1154) cita in un proprio scritto la presenza, su una riva alta del fiume Ofanto, di un grande “Convento di Santa Maria”. Da notare che la citazione risale a solo qualche decennio prima della data, il 1172, in cui la tradizione orale colloca il ritrovamento fortuito della Sacra Icona in una grotta.

Già nel 1259, comunque, la chiesetta viene citata col titolo “della beata Maria Vergine di Ripalta” in un atto del Preposto della Chiesa di Canosa, alla quale la stessa apparteneva in quell’epoca.

Ma nel 1310, la proprietà risulta passata all’Ordine dei Cavalieri Teutonici, mentre risale al 1543 un atto notarìle con il quale il Capitolo della Chiesa di Cerignola, proprietario non si sa da quando, donava la cappella "dal volgo detta e nominata Santa Maria di Ripalta" al Duca Leonardo Caracciolo, allora “Signore della Terra di Cerignola”, affinché vi facesse insediare una comunità di frati, assumendosi, tra l’altro, l’onere della manutenzione.

Da allora lunghe e complesse sono state le vicende che hanno interessato la proprietà dei fabbricati e dei terreni circostanti, con ripercussioni negative sulla cura della chiesetta, che solo nel 1931 fu sottoposta ad un radicale restauro e rafforzamento, con l’aggiunta di una struttura dì archi in cotto sulla facciata.