Nel 1295 la dopo quasi due secoli di abbandono, la chiesa divenne insieme al monastero di Ognissanti proprietà della Basilica di San Nicola di Bari. La Basilica per affermare il diritto di proprietà ed esigere il terraggio dagli affittuari dei fondi di pertinenza del feudo di San Lorenzo decise di intervenire in maniera frettolosa sulla struttura del complesso sicuramente degradata. Scomparvero le due navate laterali e sulla parete nord in corrispondenza delle aperture già esistenti furono realizzate delle cappelle circolari mentre sulla parete sud furono realizzati degli ambienti minori .