Modugno conobbe una prima libertà demaniale per la concessione di Ferdinando II d'Aragona nel 1463. Con la libertà dal giogo feudale Ferdinando II concesse a Modugno anche diversi altri privilegi: l'esenzione dai dazi sugli oli esportati e l'esenzione dai dazi del mercato domenicale.

Nello stesso anno Modugno perse l'ottenuta libertà demaniale perché fu offerta dal re di Napoli al Duca di Milano (agli Sforza). Con la donazione della città ai duchi di Milano la soggezione feudale di Modugno continuò per un altro secolo, mitigata però dal regime liberale e aperto degli Sforza verso le popolazioni.

Alla morte della regina Bona, Modugno che faceva parte con Palo del ducato di Bari passo alla Corona Spagnola.
E' proprio sotto il dominio spagnolo che Modugno segna una parabola discendente verso la miseria. Le regioni meridionali furono condotte ad uno stato di depressione spaventosa, perciò la miseria costituiva la condizione sociale di oltre i quattro quinti della popolazione.
Il regno era caduto nella servitù completa e nella più squallida povertà che aveva bandito ogni regola d'igiene, ogni sicurezza personale. La maggior parte delle pesti avvennero durante il dominio spagnolo e frequenti furono le carestie in tutti gli Stati soggetti alla Spagna.

Nel 1580 Filippo II re di Spagna, cedette ancora una volta Modugno in feudo, che riacquistò la libertà nel 1582 riscattandosi dal Marchese genovese Ansaldo Grimaldi cui era stata venduta per 40.000 ducati. Tale riscatto, Modugno lo rinnovò nel 1738 sborsando 18.000 ducati a Carlo III Borbone che voleva rivenderla ad altri feudatari, conservando così la libertà dal giogo feudale fino alla definitiva abolizione del feudalesimo avvenuta con Giuseppe Bonaparte.

Per questo spirito di fierezza e d'indipendenza, il Comune assunse come emblema del suo stemma il cardo selvatico che vive isolato senza farsi sopraffare da altre piante.

Nello stesso anno oltre l'abolizione del feudalesimo furono aboliti, sempre da Giuseppe Bonaparte molti ordini religiosi e banditi i Gesuiti da tutto il regno; i beni monastici furono messi in vendita, mentre quelli più vicini alle città furono assegnati ai comuni. In virtù di quella legge furono soppressi a Modugno nel 1807 i conventi dei Domenicani e quello degli Agostiniani.