I primi cenni sulle origini di Barsento si trovano in uno scritto di Pompeo Sarnelli, vescovo di Bisceglie del XVII secolo. Il Sarnelli, che è stato poi ripreso dallo storico nocese del XIX secolo Pietro Gioia, pare abbia affermato nel suo scritto che il duce Tulliano, per volere di Gregorio Magno, abbia fatto edificare nei monti Appennini del castello delle Noci la badia di Barsento per opera dei monaci di Sant'Equizio. Correva l'anno 591, quindi in piena guerra gotica. Barsento, era, nell'alto medioevo un luogo di raccolta per contadini e pastori ed è stato un casale popoloso fini al 1040, quando fu distrutto dai mottolesi, insieme al casale di Casaboli. Secondo il Gioia, le genti superstiti dei due casali dettero vita, rifugiandosi presso il vicino Castellum Nucum, all'università delle Noci. Un altro prete, il Morea, facendo riferimento al Chartularium del monastero di San Benedetto a Conversano, esclude che Barsento sia stata una abbazia benedettina avvalorando la tesi del Sarnelli, il quale faceva risalire l'origine ai monaci di Sant'Equizio. Alcune carte invece testimoniano la vita nel casale di Barsento ben oltre il 1040 anno in cui, secondo il Gioia, avvenne la distruzione di Barsento e Casaboli. Quindi il casale pare che abbia avuto abitanti almeno fino al XIII secolo. Il Morea non dice l'epoca precisa della fine di Barsento, ma attribuisce eccidi e stragi alle incursioni saracene, molto frequenti nel medioevo.

Dell'antico casale oggi rimane la Chiesa di S.Maria, quasi certamente ubicata a sud-est del sito urbano antico. Da un esame attento del prospetto triabsidato di nord-est della chiesetta sono evidenti le linee che denunziano la prima fase costruttiva del monumento che era ad aula unica con tetto a falde inclinate e monoabsidata, corrispondente all'attuale navata centrale sia pure di altezza ridotta. La pavimentazione, sottoposta a quella attuale , della navata centrale è ascrivibile a epoca romana. Probabilmente,l'ampliamento a tre navate della Chiesa avviene nel tardo Medioevo, dal momento che l'impianto triabsidale con finestrelle nell'abside centrale accomuna l'edificio ad altri di architettura romanica. Del resto non a caso sulla facciata esterna della navata laterale, a sud del protiro era stato murato, ma ora riportato in luce un antico arco spezzato , su cui è incisa l'iscrizione,di 30x33 cm.: