Il Presepe, costruito su un modello esistente a Cerignola, fu scolpito in pietra policroma nel 1534 da Altobello Persio. Con lui collaborò il maestro Sannazzaro di Alessano.Ogni singola figura è stata ricavata da un unico blocco di pietra; solo in seguito furono aggiunti il "grifo" e l'"aquila", di epoca antecedente al '500, salvati da demolizioni di altari; gli ornati romanici; due leoni, staccati da pareti esterne; quattro angeli in legno, trafugati di recente e mai sostituiti.Sullo sfondo il castello di Erode;in alto la caratteristica stella cometa, illuminata con luce diretta dall'esterno.
L'intera composizione offre momenti di mistico raccoglimento insieme ad aspetti peculiari della civiltà rurale, di cui ne diventa una espressione. La volta, coeva alla costruzione del Presepe, fu affrescata con dieci medaglioni raffiguranti Profeti e Sibille. Si notano anche due cortine con scene pastorali. Profeti e Sibille e cortine sono emersi dopo l'ultimo restauro, del 1989, con cui sono stati eliminati anche i due leoni.
L'altare, in marmo, risale al 1725; sul lato destro si nota la tomba dell'arcivescovo Giuseppe Sparano. A fianco di essa, un'altra tomba contiene le spoglie di due gemelle, morte nel 1812, figlie di Gaetano Rodinò, proprefetto della "quarta parte delle Lucanie".
