La diffusione dell'ordine Francescano in Basilicata è documentata già nella seconda metà del XIII secolo, attraverso alcuni insediamenti monastici sorti nel Vulture e nella Zona di Matera. La popolazione della regione segue con vivo interesse la formazione di queste prime comunità francescane, che rimangono in un primo momento estranee alle polemiche ed ai contrasti che travagliano la vita religiosa europea tra il XIII ed il XIV secolo. Superata la crisi che ha minacciato anche in Basilicata una profonda riforma dell'ordine francescano, quest'ultimo si diffonde rapidamente in tutta la regione, e continua a fornire, nel corso del XIV secolo, vescovi alle varie diocesi aventi giurisdizione nei paesi lucani. Agli inizi del XVI secolo, anche in Basilicata cominciano a manifestarsi i primi contrasti in seno alle varie comunità francescane, dove prevalgono in maniera rilevante coloro che si richiamano ad una rigida osservanza dei principi di povertà. Questa situazione sfocerà nella separazione ottenuta con" la bolla papale del 29 maggio 1517", attraverso la quale, Leone X sancisce la divisione dell'Ordine in osservanti e conventuali. Mentre più tardi, autorizzati dopo aspri contrasti a costituire un terzo ordine di minori, distinto da quello degli osservanti e dei conventuali, i cappuccini, che predicano la povertà assoluta, si diffondono velocemente in tutta la Basilicata e, nel 1586, arrivano nella città di Acerenza e fondano la struttura conventuale di Sant'Antonio all'esterno dell'antico nucleo urbano.

Fig.1 Pianta del piano terra della struttura conventuale

La chiesa sorge su un primitivo impianto medioevale, di cui rimane parte della facciata esterna e di quella verso il chiostro, con alcune monofore, e una parte della fondazione dell'abside venuta alla luce durante durante alcuni scavi per il rifacimento della pavimentazione. Al convento si accede da est mediante un portoncino ad arco e un androne che porta direttamente nel chiostro. L'impianto originario comprendeva probabilmente la chiesa, il recinto ed il corpo di fabbrica a sud, mentre il portico del chiostro, poichè la dimensione dei pilastri fà pensare alla necessità di reggere anche un piano superiore, probabilmente venne costruito insieme alla sopraelevazione del primo piano dell'ala sud, in epoca ancora medioevale. Con l'arrivo dei francescani, per l'evidente necessità di ampliare la chiesa ed aprirla al borgo cittadino, che si stava sviluppando ad imbuto verso la parte sud della cittadella, si ristrutturò la zona dietro l'abside, aprendo un nuovo accesso. Con ogni probabilità, in tale occasione, si costruì anche il corpo della sacrestia, dopo aver demolito la facciata originale ed allungato anche da quel lato la chiesa, con l'aggiunta di un secondo contrafforte esterno. Nel secolo scorso, crollata l'ala ovest e la scala situata in quella zona, fu realizzato un nuovo corpo scala che attualmente porta al piano superiore. Probabilmente è di questo periodo anche la costruzione dell'enorme camino. Il convento venne soppresso col noto decreto del 1886, passando così al demanio. Successivamente fu acquistato da un privato e, recentemente, ricomprato dalla curia di Acerenza.