Attualmente è a croce latina in quanto nel 1729 si procedette all'allungamento della navata centrale. In origine, come tutte le chiese di rito greco, anche la Cattedrale di Matera aveva un solo altare, in fondo alla navata centrale;in seguito però sia nelle navete laterali, sia nelle cappelle di nuova costruzione ne furono eretti altri fino ad arrivare, al tempo del vescovo Giovanni Michele Saraceno (1531-1556), al numero di 33: oggi sono 12, oltre all'altare Maggiore.
Le tre navate sono divise da ampie arcate a tutto sesto, scandite da colonne con interessanti capitelli, l'uno diverso dall'altro, ornati con foglie di felci, acanto, palme e pigne, altri portano busti di persone oranti e guerrieri, tutti eseguiti in pietra locale su modelli lucani e pugliesi.
