Sulla fondazione della Chiesa di San Francesco d’Assisi a Matera non ci sono notizie certe soprattutto per quanto riguarda l’anno di costruzione.
La Cronaca di Matera di E. Verricelli del 1595 riporta la notizia della fondazione nel 1200 ad opera dello stesso Patriarca, sull’antico tempio ipogeo di San Pietro e Paolo.
F. De Blasis scrive nel 1635: ”…Nell’anno 1215 fu fondato il convento di San Francesco dall’istesso San Francesco quale camminava per il mondo fondando conventi con licenza datali da Papa Onorio III…” .
Il Nelli nella sua cronaca del 1751sostiene che: ”…il Patriarca glorioso San Francesco d’Assisi.. capitò in questa città di Matera, chiedendo di fondare un suo convento e desiderava farlo nel luogo ove oggi si vede la sua chiesa e convento dei minori conventuali mentre allora vi stava la chiesa parrocchiale di San Pietro e Paolo…. Il suddetto convento fu fondato dal medesimo Padre San Francesco circa l’anno 1206 fino al 1214…”.
Il racconto fu ripreso ad un secolo di distanza da F.P. Festa : ”la chiesa di San Pietro e Paolo fu ceduta a San Francesco e vicino ad essa fu eretto l’ex convento dei francescani verso il 1218”;
da G. Gattini: “la primitiva chiesa infatti, detta di San Pietro e Paolo…,fu da questa ceduta al Patriarca San Francesco, venuto circa l’anno 1218 a stabilirvi la sua religione”.
Un’attenta lettura delle fonti agiografiche di San Francesco d’Assisi sembra rendere debole l’ipotesi di una sua presenza a Matera nel primo ventennio del secolo scorso. La cronologia della vita del Santo informa che Egli inizia la sua conversione intorno al 1205 e la matura pienamente nel 1207. Dopo l’approvazione orale della Regola da parte di Papa Innocenzo III nel 1210, Francesco inizia la febbrile attività missionaria visitando la Francia e la Spagna nel 1213-14.
Quanto detto rende inaccettabili le affermazioni contenute nei resoconti dei cronisti materni. Una possibile interpretazione di tali affermazioni è quella di pensare all’insediamento di una comunità monastica francescana a Matera nel preesistente complesso ipogeo dei Santi Pietro e Paolo intorno alla prima metà del XIII secolo. Probabilmente tale comunità comincia ad edificare la prima chiesa sub divo tra il 1250 e il 1300 circa. La prima menzione documentata della chiesa appare in un atto notarile del 1305 riportato dal Nelli.

S.Francesco d'Assisi, ipogeo SS Pietro e Paolo ( pianta e sezioni )

Il corpo più antico dell’intera struttura edificata è rappresentato dalla attuale “cella campanaria”. Piccolo ambiente voltato a crociera costolonata che presenta sulla parete destra una monumentale arcata, oggi tompagnata, che dati i suoi connotati induce a riconoscerne la funzione di vero e proprio portale d’ingresso. A sesto acuto, evidenziato da una ghiera, l’ampio arco si imposta sui piedritti mediante capitelli modanati. Le caratteristiche dimensionali e formali lo collocano alla metà del XIII secolo. Una finestra strombata rinvenuta durante lavori di restauro, oltre la copertura della cella campanaria, decentrata rispetto al portale, restituirebbe insieme con esso, il disegno di una facciata di una chiesa della fine del XIII secolo, che doveva necessariamente svolgersi in senso ortogonale all’attuale con la prospettiva rivolta verso la Civita, nucleo urbano emergente dell’attività sociale e religiosa del tempo.
Il tempio, la cui ubicazione fu probabilmente condizionata dalla presenza della chiesa e del cenobio dei Santi Pietro e Paolo, che i frati continueranno ad abitare sino alla costruzione del convento sub divo, e del quale non è possibile ricostruire le reali dimensioni spaziali e formali, presumibilmente non fu mai ultimato per essere stato sostituito da un programma edilizio più vasto dovuto alle mutate disponibilità economiche della comunità religiosa, incrementate dal lascito testamentario del Barone Buccaro Tovarelli, morto nel 1270.

Pianta XIII sec.

Cella campanaria (esterno)

L’ampio consenso ottenuto dall’ordine francescano presso la popolazione determina la comunità religiosa a costruire una chiesa più ampia e decorosa. Il nuovo progetto è condizionato dalla situazione orografica della zona: l’unica area edificabile era costituita dal pianoro che si estendeva ad Ovest delimitato dalle depressioni di Piazza Sedile e di Via Margherita e dal versante tra Via Pennino e Vico Giumella. La nuova chiesa si sviluppa quindi in senso ortogonale alla precedente ed assume caratteri icnografici frequenti nell’architettura minoritaria: invaso spaziale monoaulato, copertura a capriate lignee, arco trionfale acuto, abside piattavolta a crociera.
L’ipotesi di ricostruzione planimetrica è fondata su dati sufficientemente probanti: la scoperta, a saggi eseguiti sulla parete laterale destra della navata, di una finestra strombata e archivoltata, che dimostra l’assenza, a quest’epoca, delle cappelle laterali; la permanenza dell’arco trionfale acuto; il rinvenimento al di sopra dell’attuale soffitto di capriate lignee decorate, databili alla prima metà del XIV secolo.

Pianta XIV sec.

Pianta XV sec.

Nel XV secolo l'ordine francescano vive un periodo di espansione.
I conventuali di S. Francesco di Matera, grazie alla rinnovata disponibilità economica, derivata dalle rendite offerte loro dalle famiglie più abbienti, si accingono a dare a tutto il complesso religioso una sistemazione confacente al preminente ruolo sociale, economico e religioso che avevano assunto nell'ambito della città.

Tra il XV ed il XVI secolo si realizza l'ampliamento dell'impianto monoaulato del tempio. L'intervento determinante di questa fase è rappresentato dalla costruzione delle cappelle laterali. La serie posta a sinistra dell'ingresso viene realizzata inglobando le campate del chiostro del convento adiacente alla chiesa. La costruzione delle cappelle di destra avviene invece, intorno alla fine del XVI secolo.
L'importante ruolo assunto dal convento nell'ambito della vita cittadina e le trasformazioni di cui sopra, apportate al convento quattrocentesco, rendono necessaria la costruzione di ulteriori corpi di fabbrica, ad ovest del corpo originario, a servizio della comunità religiosa. Viene realizzato un nuovo chiostro a pianta rettangolare con quattro arcate sui lati maggiori e due su quelli minori che presentava in posizione decentrata un pozzo in muratura di tufo di pregiata fattura.

Pianta tra XV e XVI sec.

Pianta XVI sec.

Nel XVII secolo il mecenatismo di Mons. Lanfranchi, vescovo della città, consente ai francescani di apportare miglioramenti alla chiesa e, in parte, di restaurarla.
In questi anni il convento diviene uno dei più importanti della Provincia Monastica di San Nicola. Nel 1657 vi si istituisce il Noviziato e il Ginnasio di II classe.
Ultimati i lavori per la costruzione dei nuovi corpi di fabbrica, il convento mantiene questo impianto per tutto il XVII secolo. Verso la fine del secolo cominciarono le trasformazioni dell'area antistante la chiesa e l'antico fossato, sino ad allora terreno agricolo di pertinenza del convento.

Pianta XVII sec.

Pianta XVIII sec.

Ai lavori di restauro intrapresi nel corso del XVII secolo, seguono, nella prima metà del '700, quelli di ricostruzione della facciata della chiesa e di sistemazione degli interni.
Nel 1743 i frati del convento di S. Francesco pensano di affidare il progetto della facciata all'architetto Vito Valentino di Bitonto; tuttavia è il pugliese Tommaso Pennetta, nel 1751, ad impegnarsi con contratto "... di fare la prospettiva nella chiesa del Ven.bile Convento... ".
Ma nel 1752 il Pennetta rinuncia improvvisamente all'impresa. Non conosciamo quindi il nome dell'architetto che portò a termine l'impresa, e la scomparsa dei disegni relativi ai primi due progetti non ci consente di valutare quanti e quali spunti creativi l'ultimo ignoto architetto abbia mutuato dai primi due.
La facciata di San Francesco di Matera risulta un raffinato prodotto della cultura tardobarocca. La sua superficie si dilata ad accogliere sottili giochi di luce che diventa colore, plastica, nodo strutturale. Si insinua negli intradossi delle lesene di ordine gigante che campiscono gli spazi, accentua i volumi dei cornicioni, scivola lungo la curvatura del coronamento mette in vibrazione i riccioli dei capitelli, i girali e gli ornati fantastici delle finestre, si addentra nel vano del portale. La ritmica modularità degli spazi interrotti da finestre regolari e regolarmente disposte, l'apparato decorativo di fregi, statue e bassorilievi concorrono a definire uno stile elegante e ricco, privo di appesantimenti.
Il complesso conventuale raggiungela sua massima espansione edilizia nella prima metà del secolo. L'area prospiciente il fossato viene completamente occupata da fabbricati. Davanti all'antico convento, a sinistra della chiesa, sorge una vasta stalla con ampio atrio.

Nel XIX secolo si rendono necessari lavori di riparazione del soffitto: è in questa occasione che l'antico soffitto ligneo seicentesco viene demolito e sostituito con una nuova struttura in putrelle e tavelloni. Qualche anno più tardi viene sostituito il pavimento in pietra calcarea con uno in pietra di Trani liscia.
I gravi danni subiti durante i moti del 1799 e i pesanti pesi fiscali da pagare, inducono i Francescani a vendere ai canonici Volpe, alcuni beni posti ai margini del fossato, per costruirvi il loro palazzo. Il 10 agosto 1809 viene emesso il decreto di soppressione del convento. Ha inizio così il continuo adattamento dell'immobile a funzioni ed usi diversi: da sede della Gendarmeria Reale nel 1823, a caserma dei Carabinieri sino al 1934, a sede della Scuola poi.
Nei primi decenni del '900, per la creazione dell'asse viario di via del Corso, viene eliminato il sagrato della chiesa e sostituita la scalinata d'accesso originaria, a disegno curvilineo con una a due rampe, del tutto incoerente con la facciata.
Durante i lavori di sistemazione della piazza del 1981, è stato rinvenuto, al di sotto della scalinata novecentesca, parte del sagrato settecentesco, pavimentato in mattoni in cotto a listelli, e alcuni gradini della chiesa. L'intervento ha permesso di recuperare sia il disegno della pavimentazione del sagrato, sia la scala di accesso alla chiesa.

Pianta XIX sec.

Pianta XX sec. (anni 30-40)

Nel XX secolo la stalla e l'atrio vengono destinati a Centrale elettrica, mentre alcuni locali sono trasformati in abitazioni.
Negli anni 30 gli interventi di riqualificazione del tessuto urbano conclusi con lo sventramento di Corso Umberto (oggi via del Corso) per la creazione della "via dell'Impero" danno luogo alla demolizione dei locali antistanti il convento, e alla distruzione del sagrato della chiesa.
Nel 1949 l'area occupata dal convento viene ritenuta idonea per la costruzione della sede della Banca d'Italia. Dell'imponente complesso conventuale francescano rimane ben poco: solo l'ala nord del convento quattrocentesco resta a testimonianza degli antichi fasti del vasto complesso conventuale di S. Francesco d'Assisi di Matera.