Le vicissitudini subite dalla cattedrale negli ultimi decenni, con la demolizione negli anni cinquanta delle cappelle laterali e dei corpi di fabbrica ad essa addossati, unite al progressivo impoverimento delle malte ed al conseguente degrado dei nuclei murari , di particolare gravita per la snellezza delle murature, sono tutte concause che hanno portato all'insorgere di dissesti in rapida accelerazione che, manifestatisi nel 1977, culminarono con la caduta di parte del concio di chiave dell'arco trionfale.
I quadri fessurativi presenti, indicanti da un lato processi di schiacciamento, specie lungo gli archi ed i tratti di muratura più sollecitati e dall'altra un pericoloso moto di rotazione verso l'esterno delle murature del transetto, potevano trovare, infatti, una parziale spiegazione proprio dalla sommatoria degli effetti negativi provocati dall'annullamento di situazioni di equilibrio ormai consolidate da secoli, unita all'eccessiva snellezza delle murature (anche cm. 80 a fronte di altezze di m. 34), esaltata dal degrado di cui si è detto.
L'intervento è, quindi, consistito nel consolidamento generalizzato delle strutture mediante iniezioni di miscela di cemento e sabbia e nella realizzazione di un complesso sistema di cordoli e travi costituite da reticoli cememati, in maniera da conseguire un più efficace ed organico collegamento delle strutture. In particolare nel transetto si è realizzato un doppio incatenamento, l'uno all'altezza dell'imposta dell'arco trionfale, attuato mediante perforazioni armate, l'altro, costituito da un cordolo in c.a., in corrispondenza dell'appoggio delle capriate, interessante una fascia ricostruita durante i lavori di restauro degli anni 1940-50. Analogamente si è proceduto nelle navate, con la realizzazione del cordolo superiore, procedendo anche al consolidamento dei matronei che apparivano in cattivo stato di conservazione e presentavano forti spanciamenti in particolare quello destro. Quest'ultimo, infatti, era indubbiamente in condizioni precarie per l'ossidazione subita dalle catene, la cui sezione utile si era ridotta a circa un ottavo di quella iniziale e per i] grave quadro lesionativo determinatosi, con il completo distacco dei lati delle volte a crociera dai muri longitudinali. L'intervento di restauro è quindi consistito nel raddoppio delle catene e nell'incamiciamento superiore delle volte con una soletta in calcestruzzo, collegata, mediante opportune perforazioni armate, alla sottostante struttura in pietra ed alle murature, a loro volta consolidate mediante reticoli cementati estesi, per il lato sulla navata centrale lungo l'intera altezza del parapetto dei matronei. Notevolmente meno impegnativo l'in tervento, invece, sul matroneo sinistro dove le obiettive migliori condizioni hanno consentito di limitare le opere sulle volte al semplice raddoppio delle catene. II rifacimento delle coperture, con interposizione di massetto di calcestruzzo alleggerito ed il trattamento protettivo con impregnazione e lenta pennellatura di xilamon delle capriate lignee ha compli tato l'intervento. Tuttavia, la cattedrale, ancorché da tempo restituita alla sua naturale funzione ed aperta al pubblico, ancora oggetto di studi per la soluzione di altri due gravi problemi che la interessano: il degrado delle porte bronzee e quello dei paramenti murari interni. Per il primo, le indagini già svolte dall'Istituto Centrale del Restauro, sembrano indicare negli agenti atmosferici le cause del progressivo processo di alterazione elettrochimica subito dal bronzo: ove tale diagnosi fosse confermata da uleriori analisi di prossima esecuzione, sarebbe indispensabile, almeno per il momento, ad evitare ulteriori danni, mettere le porte stesse al riparo dagli agenti atmosferici, all'interno della cattedrale. Ciò consentirebbe di avere il tempo e la tranquillità necessaria per individuare e sperimentare l'uso di sistemi e prodotti per una efficace azione protettiva del bronzo, senza rischi o comunque senza effetti negativi indiretti.
Problema più complesso appare essere quello dei paramenti interni delle murature della cattedrale interessati da un grave e vistoso fenomeno di degrado che si manifesta essenzialmente con:
- efflorescenze lungo gli assetti delle murature perimetrali;
- sfaldamento dei conci di pietra in piccole scaglie e contemporanea polverizzazione dello strato corticale degli stessi.
Lo sfaldamento è presente in generale in tutta la chiesa, anche se in modo non uniforme e con maggiore evidenza sui muri longitudinali della navata centrale (forse perchè meno interessati da recenti lavori di restauro). Tale fenomeno si è verificato in altri edifici monumentali di Terra di Bari, ubicati in condizioni climatiche pressochè identiche e con vicissitudini storiche sostanzialmente simili.Ciò che caratterizza il degrado descritto e lo differenzia dagli altri è, però, la velocità della progressione del fenomeno e ancor più il suo concentrarsi solo sui paramenti interni delle murature, malgrado la chiesa sia ubicata a pochi metri dal mare e quindi esposta esternamente all'aggressione dell'atmosfera marina.