La Confraternita di S. Giuseppe viene indicata come la quinta sacra associazione di Monopoli. Venne istituita prima del 1686, e con molta probabilità attorno al 1613, anno di fondazione della cappella di San Giuseppe.
La Confraternita aveva l'impiego di assistere e presenziare alle funzioni religiose dell'ottava del Corpus Domini, di accompagnare "col sacco e colli cerii" la festività della Madonna, il Viatico degli infermi, le esequie dei sacerdoti della parrocchia, dei confratelli e delle sorelle. Inoltre l'inumazione avveniva "nella sepoltura della Cappella di San Giuseppe". Causa l'aumento del numero dei confratelli l' Oratorio di San Giuseppe doveva risultare angusto per ospitare una confraternita così numerosa, pertanto già dal 1897 venne individuata, come nuova sede, la chiesa di San Leonardo, in quanto chiusa al culto e con l'annesso convento di suore benedettine ormai soppresso. Era questa l'occasione per riaprire una bella ed antica chiesa della città di Monopoli.
Nel 1904 il trasferimento, nella chiesa di San Leonardo, era definitivamente completato. Da allora, con cura, dedizione e attenzione la confraternita provvede alla manutenzione della chiesa, parzialmente riportata allo splendore di un tempo proprio in questi anni dpo gli interventi di risanament e restauro avviati a partire dal1990 fino ad oggi.