Il Museo della Confraternita è stato alloggiato principalmente lungo il matroneo e sul coro, nella parte della chiesa che era adibita alle suore di clausura.
In esso troviamo più di 200 oggetti sacri appartenenti alla Confraternita ed alla Chiesa.
Lungo i matronei, sono situate le bacheche contenenti messali, breviari, libri di conti ed epistole varie.
Nel coro delle suore benedettine vi sono paramenti sacri, arredi liturgici, ostensori e vari reliquari.
Importante risulta essere l'organo del 1775 con mantice.
Fanno parte della collezione anche gli arredi stessi della chiesa di San Leonardo con i suoi quadri di pregevole fattura e gli altari.
Inoltre è stata allestita una stanza per gli arredi di Santa Filomena.