La storia del monastero potrebbe quindi ricondursi al rientro di mons. Fabio Pignatelli dal Concilio di Trento, nel 1564, quando "ridusse detta Comunità in meglior stato e forma, e levandola dal luogo ove prima si trovava, essendo vicino le mura della Città, la situò nel luogo ove ora si trova, e conoscendo che si governava con religione e buono esempio, non essendovi nella Città convento, dove potessero li P.ri honorati mettere le loro figliole... trattò di mettervi clausura, come in effetti lo fece, con darle regola per la quale si governassero, o dovessero osservare e giontamente vivessero in commumtà riconoscendo superiora, che le governasse con tutti l'altri officii appartenenti al buon reggimento di detta Comunità, con fare li tré voti solenni di Castità, Povertà, et obedienza...".
Il convento, già nel 1656, ospitava quarantasei monache professe con velo nero, tré professe, una novizia e sette serve, e vi potevano accedere le educande delle migliori famiglie nobili monopolitane. "Si manteneva sulle prime colle doti delle Religiose, ed avendo poscia acquistato di molti beni, mercé più largizioni si rege ricco abbastanza, ma in tempi calamitosi e difficoltà, a noi troppo lontani, per usurpazzioni fattagli perché molti di questi beni, per forma che la loro annua rendita al di d'oggi ascende a tremila ducati".
Dallo stesso documento ottocentesco apprendiamo che il monastero "è immediatamente soggetto al Vescovo. La sua forma è irregolare per essere il più antico monastero. Le celle monastiche sono nel numero di 17, incluse le due stanze, addette l'una per dare all'Educande lezione di musica vocale, e strumentale, e l'altra per imparare l'arte di leggere, scrivere e dei lavori convenienti alla loro condizione".
Il numero delle suore però, si apprende nella stessa Visita Pastorale del 1852 si è ridotto a sedici professe (cioè con professione dei voti), sette educande e otto converse. La rendita annua del monastero è di 3496 ducati, mentre "la dote che paga ogni monaca è di 600 ducati in contante effettivo. Le novizie ed Educande che trovasi attualmente nel Monastero pagano annui ducati 30".
11 convento poteva inoltre contare su un cospicuo patrimonio di beni immobiliari. L'Inventario di tutti 1i beni del 1741 comprende ben 29 appezzamenti di terreno, due trappeti, quattro masserie ("una nel luogo detto di Morgagniano con Torre, foggia d'acqua e grottaglie, una nel territorio di Monopoli per la difesa d'Arborebello, una masseria detta La Mammolilla, una masseria detta la Niviera di Boadino"), due pascoli, due orti, un forno, una bottega ("nella piazza dove sono Le Fogliarle"), sette case, due pesci ne, quattro cerisi, oltre a rendite e gabelle su sale e farina.