...In seguito a questi avvenimenti le benedettine si dispersero e, trascurando la vita claustrale, andarono a vivere con i loro parenti.
E merito del vescovo Ottaviano Preconio, aver riunito alcune monache benedettine tra cui Suor Elisabetta e Suor Caterina de li Falconi e Suor Leila Precopo, alle quali si aggiunsero Suor Sibilla de li Falconi e Suor
Marta Palmieri, già educande nel monastero di San Benedetto a Conversano, ed ancora Suor Maddalena Maria Palmieri.
Come sede provvisoria per le monache venne scelta una casa del benefìcio della famiglia Marzolla.
In quegli anni di guerra era morta anche la Badessa Suor Vit'Antonia Indelli; il vescovo Preconio, da Napoli, nel marzo del 1548, con una lettera invitò il Primicerio, abate Giacomo Palmieri, e i vicarii, abate Cola Maria Gerunda e Cola Jacopo Capobianco, affinchè fosse eletta la nuova badessa delle benedettine monopolitane.
Tutte le suore, "professe e sacrate, che stavano nella case dei lor parenti", vennero riunite nella chiesa di Santa Maria Amalfitana. Si aggiunsero così anche Suor Crisaida Caretusa, Suor Francesca Indelli, Suor Verità Carrara, Suor Cornelia Manfrido e Suor Angela Perrecea. Badessa delle benedettine monopolitane venne eletta Suor Elisabetta de li Falconi; la sede rimase ancora quella provvisoria.
L'11 novembre 1554 monsignor Preconio consacrò Suor Sibilla de li Falconi e Suor Marta Palmieri. Il 20 settembre del 1555 le benedettine comprarono alcune case di Geronimo Palmieri e di Giovanni Vincenzo Indelli; forse doveva essere il primo nucleo dell'attuale sito del monastero. Infatti il 6 ottobre dello stesso anno, le suore presero possesso del nuovo Monastero di San Leonardo.
Nessun contributo fu offerto dall'Università di Monopoli, poiché quel monastero ospitava soltanto le suore di famiglie nobili. Nel 1563, alla morte della Badessa, Elisabetta delli Falconi, venne eletta Suor Sibilla delli Falconi, che a sua volta morì il 30 novembre 1580. Da questa data in poi l'incarico di "badessa", da essere "perpetuo" divenne triennale, al fine di creare un normale ricambio nella direzione del monastero. Il vescovo Ottaviano Preconio rimase sempre legato alle benedettine di San Leonardo, per le quali pubblicò un libretto sulla Santissima Eucaristia.